חכם שלמה ועקנין נולד לאימו ולאביו יצחק בטבריה שבארץ ישראל.
למד תורתו מפי רבו החכם שלום בן יוסף עמאר, שחלק קטן מחידושיו הביא בספרו. עד היותו בן עשרים שנה, חי עם משפחתו בארץ, אחיו התיישבו בחברון ובטבריה ואילו הוא נשלח כשד"ר לאיסוף כספים בכפרי מרוקו.
במרוקו התיישב בכפר תאעמרוף, שם החל לבנות בית מדרש לתורה, וללמד את הצעירים בכפר ללא שום תמורה כשאת חלקם הוא מלמד ומסמיך לשחיטה. בכפר תאעמרוף נשא אשה ונולדו לו בנים ובנות.
במהלך מסעותיו לאיסוף כספים למען חכמי ארץ ישראל, היה מדבר על לב השומעים דברי תורה וחיזוק. פעם אחת כשנקלע לשוד, נתן לשודדים היהודים את מבוקשם אך דיבר על ליבם והוציא מהם הבטחה, שיחזרו בתשובה. ברכותיו היו נושאות פרי וגם בעיני הגויים יצא שמעו, והיו מבקשים שיתפלל עבורם.
חכם שלמה ועקנין נהג מנהגי חסידות, בביתו היה לו מקווה טהרה, הקפיד על כשרות המאכלים, ולא אכל בשר או עוף כי אם משחיטתו. ההקפדה בכשרות הנחיל למשפחתו ולתלמידיו. תלמידו המובהק הוא החכם שלום חזן.
ביום פטירתו הודיע לאנשי החברה קדישא כי הוא עובר להיפטר מן העולם, יום שישי היה, והשעה כבר מאוחרת, שאלוהו אנשי החברה קדישא כיצד יספיקו להתארגן, אך הוא הבטיח להם שיספיקו וכך היה.
חכם שלמה ועקנין נפטר לבית עולמו ביום כ"ה תמוז (ויש אומרים ג' אב) תרס"ה (1905) ומקום מנוחתו במרוקו.
חיברו 'בינת שלמה' - חידושים על התנ"ך ומאמרי חז"ל, יצא לאור בשנת תשע"ו (2016), על ידי הרב יהודה אדרי.