חכם ניסים הכהן נולד לאמו ולאביו בג'רבה שבתוניס.
עיקר תורתו למד מפי חכם אהרן פרץ.
חכם ניסים הכהן שימש כראש בית דין בג'רבה.
חכם ניסים הכהן נפטר ביום כ' חשוון תקע"ד (1813) ונקבר בג'רבה.
חיבורו 'מעשה ניסים', הכולל חידושים על התנ"ך, נדפס בתוניס בשנת תרנ"ה (1895).