חכם דוד פארדו נולד לאמו יוסטינה ולאביו חכם יעקב ביום א' ניסן תע"ח (1718) בונציה. משפחתו משפחת רבנים המיוחסת לחכם שמואל אבוהב בעל שו"ת דבר שמואל.
חכם דוד פארדו למד תורה מפי רבי שלמה זלמן מלבוב ומפי חכם יעקב בליליוס, מרבני ונציה.
בילדותו התייתם מאביו ועבר לגור יחד עם אחותו רחל, אצל קרוב משפחה ערירי. הקרוב הוריש את כל רכושו לרחל על מנת שתוכל להתחתן בכבוד אך רחל נפטרה טרם נשאה. קרובי המשפחה סירבו להוריש את הכסף לחכם דוד פרדו, בטענה כי הכסף היה מיועד לאחותו בלבד, ורק לאחר נישואיה, תנאי שלא התקיים.
בשנת תצ"ח (1738), בהיותו בן עשרים, בעקבות מות קרובו, ובשל מצבו הדחוק, חכם דוד פרדו נדד לאיספאלטרו (כיום העיר ספליט שבקרואטיה) ושימש שם כמלמד תינוקות. אחרי פטירת רבה של איספאלטרו, חכם אברהם דוד פאפו, נתמנה חכם דוד פרדו לרבה של העיר במקומו. הוא הקים ישיבה בעיר, בה למדו בין היתר חכם חיים יצחק מוסאפיא, שלימים שימש כרבה של איספלארטו חכם אברהם יונה, שלימים היה אב בית דין ונציה, חכם אברהם פינסו, מחבר הספר 'כתית למאור' ולימים חתנו, וחכם שבתי דוד ונטורה. בתקופה זו החל להשיב תשובות הלכתיות ונולדו לו שלושה בנים.
בשנת תקל"ג (1773) נתמנה חכם דוד לרב העיר סרייבו (כיום בבוסניה). הוא תיקן תקנות, יסד חברות לימוד וחסד והקים ישיבה. בתקופה זו הדפיס רבים מספריו וחיבר פיוטים ותפילות.
בשנת תקל"ה (1775) נסע לליבורנו, בה פעלו מספר בתי דפוס עבריים, כדי להדפיס אחד מספריו. בליבורנו פגש את חכם חיים יוסף דוד אזולאי (מרן החיד"א), ששהה בה בשליחות כולל חברון. הוא התחבר אליו ולמד אתו תורה. לימים התחתן אברהם, בנו של חכם דוד פארדו, עם שמחה, בתו של מרן החיד"א.
בשנת תקמ"א (1781) החל במסע העלייה לארץ ישראל. הוא הגיע לארץ כעבור שנה, והתיישב בירושלים. ושם שימש כחבר בבית הדין של חכם יום-טוב אלגאזי (המהרי"ט), ועמד בראש ישיבת 'חסד לאברהם'.
חכם דוד פרדו נפטר ביום י"ב ניסן תק"ן (1790), בגיל שבעים ושתיים, ונקבר בהר הזיתים.
חיבוריו כוללים תשובות הלכתיות שנדפסו בספר 'מכתם לדוד', הוא כתב ספרים רבים נוספים ובהם פרשנות לספרות חז"ל, פרשנות לתלמוד ולספרות הלכתית, דרשות, פיוטים, תפילות ועוד.