חכם דוד זכות נולד לאמו ולאביו מזל טוב בעיר מודנה שבאיטליה, ככל הנראה בסביבות שנת תקל"ח (1778).
בשנת תר"ט (1849) התמנה לרב הקהילה של מודנה.
חכם דוד זכות העמיק את לימודו בהלכות מילה. הוא השתלם בצדדים הרפואיים של המילה, וכתב על המילה חיבורים הלכתיים וחיבורים שהסתמכו על אנטומיה ורפואה.
עיסוק מרכזי נוסף שלו היה חינוך. הוא התנגד להתבוללות, וניסה לקלוט מהמדע והתרבות של זמנו את כל מה שיכול היה, לדעתו, לדור בכפיפה אחת עם עקרונות הדת היהודית.
חכם דוד זכות נפטר ביום כ"ט אייר תרכ"ה (1865) ונקבר בעיר מודנה.
חכם דוד זכות כתב את הספרים: 'זכר דוד' - דרשות על התורה, ו-'לימודי ה' - מוסר. חלק מן התשובות, התפילות, הפיוטים והחיבורים הפילוסופיים שחיבר נמצאים עדיין בכתב יד.