חכם יוחנן הכהן נולד לאמו לאה ולאביו החכם מולא אהרון הכהן, בשנת תרפ"ב (1922) בירושלים.
הוריו נולדו בבוכארה, זכו ועלו לארץ ישראל, והתיישבו בירושלים, בגבול שכונת הבוכרים, שהוקמה בשנת תרנ"ד (1894) סמוך לבית הכנסת 'שושנים לדוד'. ראשית לימודו בתלמוד תורה 'בני ציון', אך בשנת תרצ"ב (1932) נפטר אביו. אמו וחמשת ילדיהם, נותרו בחוסר כל, ולכן נאלץ לעבור לבית היתומים בוכרוף ברחוב יפו.
במהלך היום, חכם יוחנן הכהן עבד בנגריה, אבל נרשם לבחינות בגרות בלימודים חיצוניים. בימים עבד ובלילות למד וסיים את חוק לימודיו והוסמך כמורה. הוא שימש כמורה ומחנך בבתי הספר של 'אגודת ישראל', בבית הספר 'קשת' בשכונת מוסררה, ובבית הספר 'בני עמי' בשכונת קטמון. בו, לימים שימש כמנהל בית הספר.
בשנת תשי"ט (1959) חנן יוחנן הכהן הוסמך כרב בישראל. הוא שימש כחבר ועד השכונות 'בית ישראל' והבוכרים, לימים אף עמד בראשו. היה ממקימי עמותת 'אחד לחמש', התומכת במשפחות בנות 5 ילדים ויותר.
חכם יוחנן הכהן פרסם מאמרים ושירים תחת שמו הספרותי: ה.י. בן אהרון. בשנת תשכ"ד (1964) יצא לאור סיפרו 'מיתרים מכינורי' - שירים מתקופת המאורעות ומלחמת השחרור. בשנת תשל"ו (1976) יצא 'עלים בשלכת' - שירי זיכרון וגבורה. בשנת תשמ"א (1981) יצא 'מחזות ועלילות מדברי ימי עמנו', ובשנת תשמ"ה (1985) כתב פירוש לפרשת 'ואתחנן' כתוספת לספרו של החכם משה ברוך, מחכמי בוכארה. בשנת תש"ן (1990), יצא 'שכונתי רחובות הבוכרים', ובשנת תשנ"ט (1999) יצא 'גלות יהודי בוכארה והשיבה לציון'.
חכם יוחנן כהן נפטר ביום ח' חשוון תשס"ג (2002) ונטמן בירושלים.
The Jews of Bukhara held a deep and faithful awareness of Divine providence, true believers. The purpose of their coming to the Land of Israel was to raise the Shechina from the dust, to build the Chosen House, the Temple. They awaited the coming of the Messiah and even built him a palace, named the Mullah Elisha Yehudoff z"l Palace. Most of the neighborhood's builders, before building houses for themselves, first undertook building a House of God, a synagogue where they, their children and their progeny could pray. They gave of their money and gold so that others could come to pray at the synagogue they raised. The tradition continues to this day, in particular the netz (dawn) morning prayer, maintained entirely out of a fierce love for the Creator, like their forefathers' tradition in the cities of Bukhara: A tradition sanctified by generations of time, whereby many of the community's members would pay rabbis and teachers full salaries to teach their children Torah, its commandments, laws and statutes.
The Jews' of Bukhara Diaspora and the Return to Zion, pp. 90-91, Rechovot Publishing, Jerusalem, 1994