הראשון לציון חכם בכור מיוחס רפאל נולד לאמו רחל ולאביו שמואל בשנת תנ"ה (1695) בירושלים.
בשנת תנ"ח (1698), כשהיה בן שלוש, נפטר אביו. משפחתו עברה לגור בבית סבו - רבי אברהם משה מיוחס, וסבתו ריינה קונפראדה. לאחר מותה של סבתם עברו לגור בבית דודו חכם משה בכר מיוחס.
חכם בכור מיוחס רפאל נשא לאשה את בת הרב חיים מרדכי זאבי.
בחשוון תפ"ג (1722), בגיל 28, נשלח להשתדל בקושטא (כיום איסטנבול שבתורכיה) עבור קהילת יהודי ירושלים, שסבלה מהמיסים הגבוהים שהשית עליה המושל יוסוף פחה, ועלה בידו.
בדרכו חזרה מקושטא לירושלים עבר באלכסנדריה. בדרכו חזרה לארץ עבר בסיני, שם נתקל בבדווים שודדים, שנטלו את כל רכושו והרגו את חמורו. כשביקשו לרצוח את חכם בכור מיוחס רפאל, נעשה לו נס, ולא עלה בידם. השודדים השיבו לו את כל רכושו, ושילחו אותו לחיים.
חכם בכור מיוחס קבע את היום הזה, ט"ז אדר תפ"ג (1723), כיום נס לו ולזרעו. היום נחגג בקרב משפחת מיוחס כיום פורים, במשתה ושמחה, וקריאת מגילה אותה חיבר חכם בכור מיוחס רפאל, ובה כתב את סיפור הצלתו. בני משפחתו כינו יום זה "פורים די לוס מיוחסים".
משנת תקי"ג (1753) חכם בכור מיוחס רפאל עמד בראש ישיבת בית יעקב פרירה. אחיו חכם אברהם בכר שמואל, שימש אף הוא כרב בישיבה. בשנת תקט"ז (1756) חכם בכור מיוחס רפאל נבחר לשמש כראשון לציון.
הראשון לציון חכם בכור מיוחס רפאל נפטר ביום כ"ב אב תקל"א (1771) ונקבר בירושלים. מרן החיד"א ספד לו.
הראשון לציון חכם בכור מיוחס רפאל חיבר את הספרים 'פרי אדמה' על הרמב"ם, 'מזבח אדמה' על השולחן ערוך ו'מנחת ביכורים' על התלמוד.
It is permissible to receive remuneration on festivals to fill any permissible requirement for a mitzvah…all the more so for a laborer who hasn't what to eat unless he earns income…making benches for the synagogue to avoid arguments is a public need, and permitted, for they are physically necessary for people so that they may sit. They did so in Jerusalem, following Rabbi Mahadari Binyamin, to accommodate the guests who had no place to sit.
Mizbe'akh Adama, p. 7d, Yauda Kali and Mordecai Nachman Press, Salonika, 1777
1771-1695