חכם יוסף פלאג'י נולד לאמו אסתרולה ולאביו החכם חיים פלאג'י בשנת תקע"ה (1815) באיזמיר שתורכיה.
תורתו למד מפי אביו החכם חיים פלאג'י, החכם באשי וראש אבות בתי הדין באיזמיר, ומפי אחיו הבכור חכם אברהם פלאג'י, שהחליף את אביהם כרבה של איזמיר, לאחר מות אביהם בשנת תרכ"ח (1869).
חכם יוסף פלאג'י חיבר עם אחיו חכם אברהם פלאג'י את הספר 'ויוסף את אברהם' - מעלותיו של יוסף הצדיק, שיצא לאור בשנת תרמ"א (1881), ואת הספר 'ויוסף את אחיו' - סוגית בתלמוד, שיצא לאור בשנת תרנ"ו (1896). בסוף ספרו האחרון, הותיר ביד בנו חכם בנימין פלאג'י להוציא יתר חידושיו בספר 'שארית יוסף'.
חכם יוסף פלאג'י נפטר ביום י"ב תמוז תרנ"ו (1896) ונקבר באיזמיר.
Although the customary blessing of His Majesty the King was once recited before the Ashrei Yoshvei Beitecha psalm, and this ancient custom has been observed here in Izmir for three hundred years, it was nevertheless moved and is recited when the Torah scrolls are taken out of the ark…Since it is the custom among the nations in all the cities under his dominion to rise when cheering His Majesty the King, we, the Sons of Israel, who are also the subjects of His Majesty the King, may his dominion endure, must rise when reciting the Blessing for His Majesty the King; we are to follow the customs of the nations of the world. Israel is to learn from the customs of non-Jews.
VaYosef Et Ekhav, Ma'arechet Beit, Section 3 p. 15b, Hacham Mordecai Barkai, Izmir, 1896
1896-1815