חכם דוד זכות נולד לאמו ולאביו מזל טוב בעיר מודנה שבאיטליה, ככל הנראה בסביבות שנת תקל"ח (1778).
בשנת תר"ט (1849) התמנה לרב הקהילה של מודנה.
חכם דוד זכות העמיק את לימודו בהלכות מילה. הוא השתלם בצדדים הרפואיים של המילה, וכתב על המילה חיבורים הלכתיים וחיבורים שהסתמכו על אנטומיה ורפואה.
עיסוק מרכזי נוסף שלו היה חינוך. הוא התנגד להתבוללות, וניסה לקלוט מהמדע והתרבות של זמנו את כל מה שיכול היה, לדעתו, לדור בכפיפה אחת עם עקרונות הדת היהודית.
חכם דוד זכות נפטר ביום כ"ט אייר תרכ"ה (1865) ונקבר בעיר מודנה.
חכם דוד זכות כתב את הספרים: 'זכר דוד' - דרשות על התורה, ו-'לימודי ה' - מוסר. חלק מן התשובות, התפילות, הפיוטים והחיבורים הפילוסופיים שחיבר נמצאים עדיין בכתב יד.
"As it was taught: 'And you shall love the Lord your God' which means that you shall make the name of Heaven beloved. One should do so by reading Torah, and learning Mishna, and serving Torah scholars; one should be pleasant with people in conversation and in business transactions. What do people say about such a person? "How fortunate is the one who learned Torah"… It says "one should be pleasant with people" in business transactions and in conversation, which means that being pleasant with people brings about that the name of Heaven is pleased…However, the name of Heaven is not pleased with those people of unpleasant speech etc., despite their reading and learning.
Zecher David on Torah, a eulogy, p. 240, Ahavat Shalom Publishing, Jerusalem 2001