הגאון רבי רפאל עבו, זכה למיתת נשיקה, וכך היתה עובדה ביום פטירתו: מרן הגאון, זכר צדיק לברכה, בחסידותו, נהג להתענות - ב', ה', ב', שאחר הפסח, ואחר חג הסוכות כדברי מרן ב'שולחן ערוך', סימן תצ"ב. ביום חמישי, ט"ו באייר תשמ"ג, היה רבי רפאל שרוי בצום. היה זה היום האחרון מבין השלושה של ב', ה', ב'. כהרגלו, נסע באותו יום לבית-הדין הגדול שבירושלים. אחר-כך, יצא להתפלל בכותל, ואחר-כך שב לביתו שברמת-גן. לאחר תפילת מנחה, העביר את שיעורו הקבוע במשך שלושים ושלוש שנים רצופות, בבית הכנסת 'מקור חיים', שבנחלת גנים. לאחר השיעור, התפללו ערבית, ובאמצע קריית שמע, לאחר שהמליך עליו את מלך מלכי המלכים ב' שמע ישראל ה' א-לוהינו, ה' אחד', נשמט ראשו של מרן הגאון, זכותו תגן עלינו אמן, על השולחן, וכך נפטר במיתת נשיקה.
ומדוע צם באותו יום? - לכאורה היה צריך לסיים את תענית הב', ה', ב', באותה שנה ביום שני י"ב אייר, אלא שבאותה שנה היום הראשון לתענית ב', ה', ב', חל ביום שני ה' באייר, והיות ואותו היום, נוהגים חכמי ספרד, ומכללם מרן הגאון רבי רפאל עבו, זכר צדיק וקדוש לברכה, להרבות בשמחה ובסעודת מצווה ובהודאה לה' יתברך, לא צם אותו היום, הרב זכר צדיק לברכה, ודחה תעניתו.