חכם חנניה דרעי נולד לאימו חנה ולאביו חכם יעיש בשנת תרצ"א (1931) במרקש שבמרוקו.
בהיותו ילד קטן נפצע קשה מפגיעת סוס. אמו נשאה אותו על ידיה, ורצה איתו לבית הקברות. היא הניחה אותו על קברו של הצדיק חכם חנניה הכהן, ובקשה את רפואתו. על קברו של הצדיק תבעה מבנה, שבחסדי ה', כשיבריא ילמד תורה כל ימיו. בלילה התגלה לה הצדיק בחלומה, והודיעה שנתקבלו בקשותיה. חכם חנניה דרעי הבריא והקדיש עצמו ללימוד התורה. הוא למד תורה בישיבת החכם אברהם אביטבול במרקש, מפי החכם פנחס הכהן ומפי חכם חיים ביטון, מחבר הספר 'לב חיים', לימים רב העיר מלייה.
בשנת תש"ח (1947) יצא עם משפחתו לארץ ישראל. בשנת תש"ט (1948) זכה והגיע לארץ ישראל, והתיישב בעיר יפו. הוא הוסמך לרבנות ושימש מזכירו של רב העיר תל אביב-יפו, חכם יעקב משה טולידאנו. כעובד המועצה הדתית היה ממונה על בתי הכנסת בעיר. שימש רב בית כנסת, ומסר שיעורים והרצאות לציבור הרחב בתי הכנסת. הוא ריכז את פעילות המועדון התורני לנוער, שליד בית הכנסת 'קדושי אירופה', ולימד במוסד 'פרחי כהונה', מיסודו של הראשון לציון חכם בן-ציון מאיר חי עוזיאל, שפעל להפצת תורה בקרב הנוער הספרדי.
בשנת תשכ"ז (1967), לאחר מלחמת ששת הימים, חכם חנניה דרעי יצא למחנות הפליטים אזור שכם ובעזה, כדי לתור אחר נשים יהודיות שנישאו לערבים, והתנתקו ממשפחתם בזמן מלחמת העצמאות. הוא פעל לחילוצן ולחזרתן ליהדות של אותן נשים יהודיות וילדיהן. במסירות נפש ובהתנדבות דאג לכל מחסורן, ורתם נדיבים וארגונים להשתתף במצווה זו של קיבוץ נדחים ופדיון שבויים.
חכם חנניה דרעי שימש רבה של יפו, ובנה בה בית כנסת. בשנת תשל"ד (1974) עודד את חכם ישראל רווח לפתוח כולל ביפו. אט אט יצא שמו כגאון בתורה, בנגלה ובנסתר. בשנת תשמ"ח (1988) הוציא לאור את ספרו 'חדר מלכות', וכלל בו את חיבורו של המקובל חכם דוד הלוי מהעיר דרעא, ושל המקובל חכם יצחק דרעי, מחכמי אלג'יריה.
בשנת תשנ"ה (1995) הוציא לאור את הספר 'חדר בריוח' - דרשות והספדים בצירוף לקט דינים, סגולות וקמיעות. כן הוציא לאור את הספרים: 'חדר מכמונים', ו'הדר מכמונים'.
חכם חנניה דרעי נפטר ביום ט"ו בטבת תשס"ג (2003). ביום השנה לפטירתו, הוציאה משפחתו לאור את הספר 'ויספדו שם מספד גדול', הכולל דברי הספד קצרים על אביהם.
