חכם כליפא בן מלכה נולד לאימו ולאביו בשנת ת"ל (1670) בעיר אספי שבמרוקו. בן יחיד היה להוריו, שנפטרו בילדותו, והוא נותר יחידי בעולם. ראשית לימודו היה לפני חכם יוסף בואינו דה מיסקיטא בעיר הולדתו, ומשם נדד מעיר לעיר עד הגיעו לעיר פאס, שם למד בישיבותיהם של חכם יהודה בן עטר וחכם שמואל הצרפתי. 
בספרו הוא כותב: 'מיום היותי עד עת עמדי, במקלי עברתי יחידי. יחיד ועני אני, כי אבי ואמי עזבוני. גם דוד ואח אין לי, והשם היה חלקי וחבלי, ואבי יתומים נתנני לחן ולחסד רב, לפני כל אדון ורב, בכל ערי המערב'. 
עם חזרתו לעירו אספי, חזר ללמוד בישיבתו של חכם יוסף בואינו דה מיסקיטה, שגידלו כאב על ברכי חכמתו וספריו, וכל שהיה לו - נתן בידו. 
כשגדל ועמד ברשות עצמו, עבר לעיר אגאדיר. שם, בעזרת חכם שלמה בן ישורון, אחיינו של רבו, החל לעסוק במסחר, וראה ברכה בעמלו. בד בבד עם פעילותו העסקית הענפה ויחד עם חברו חכם יעקב גדליה, הפך את בית הכנסת בו התפלל למרכז רוחני ולבית מדרש. חכם כליפא בן מלכה הרביץ תורה ברבים, ושמר על קביעות לימודו והשתתפותו עם הציבור בכל עת.
חכם כליפא בן מלכה נשא אישה ונולדו לו ילדים, אך בנו בכורו דוד נתבקש לישיבה של מעלה והוא בן 11 שנים. 
חכם כליפא בן מלכה נאסף לבית עולמו, זקן ושבע ימים, ביום ג' אלול בשנת תק''ך (1760). הוא הותיר אחריו שלושה חיבורים: 'כף נקי' - על סידור התפילה ופרפראות לחכמה. 'רך וטוב' ו'קול רינה'.