ראשית תורתו למד מפי חכם דוד כהן יהונתן בג'רבה. גדל בתורה וביראה והיה לתלמיד חכם.
חכם בן ציון כהן יהונתן נשא לאישה את מרת שארינה, בתו של חכם סיסי הכהן, מחבר הספר 'קול רינה'.
בשנת תר"פ (1920) עבר לעיר זוארה שבלוב, ושימש שם רב העיר, שנים רבות. הוא חיזק את מוסדות הדת ביר. הרבה למסור שיעורי תורה ביום ובלילה. חיבר ספרים רבים, פירושים ודרשות על התורה.
כאביו, חכם בן ציון כהן יהונתן הצטיין בשירה ובניגון, וחיבר שירי קודש רבים, ספוגים ביראת שמים וגעגועים לציון, על פי רוב על מנגינות חדשות, שהיו מושרות בפי כל. הוא יסד מקהלת זמר מבין פרחי תלמידיו, והיה מרבה לשיר ולנגן בכינור במסיבות ובשמחות, בשירי קודש, מלאים יראה ומוסר. אחד מתלמידיו הוא חכם פרג'ללה גויטע, שהיה ליד ימינו.
בשנת תרפ"ד (1924) יצא לאור בג'רבה ספרו 'קרן הצבי' - דרושים. בשנת תרפ"ח (1928) יצא לאור ספרו 'בני ציון' - פרקי אבות. בשנת ת"ש (1940) יצא לאור ספרו 'אומר לציון' - דרושים ומעשיות על ספר בראשית, ובאותה שנה יצא לאור פירושו על ההגדה של פסח 'לספר בציון'.
בשנת תרצ"ג (1933) אירח את אביו, במשך שנתיים, בביתו, שהיה בדרכו לארץ ישראל, ולא עלה בידו.
בשנת ת"ש (1940) חזר אל עיר הולדתו ג'רבה, שם המשיך לשקוד על תורתו, העמיד תלמידים, והיה דורש ברבים. לימים, זכה ועלה לארץ ישראל, והתיישב בעיר אשקלון. באחרית ימיו חלה במחלה קשה, והיה מדוכא בייסורים.
חכם בן ציון נפטר ביום ד' כסליו תשל"ב (1971) ומנוחתו כבוד בהר הזיתים. אזכרתו מתקיימת בבית הכנסת 'עטרת ציון', הקרוי על שמו, בשכונת שמשון באשקלון.
לאחר פטירתו יצאו לאור, בידי בניו ספריו מתוך כתב ידו: בשנת תשל"ג (1973) יצא לאור ספרו 'מבשרת ציון' - על שיר השירים. באותה שנה יצא לאור ספרו 'נר מציון' - פרקי אבות ובו פירושיו 'בני ציון' ו'בנות ציון'. בשנת תשל"ז (1977) יצא לאור ספר שיריו 'שירי ציון'. בשנת תשל"ט (1979), יצא לאור הכרך השני בספרו 'אומר לציון' - דרושים ומעשיות לספר שמות. בשנת תש"ם (1980) יצא לאור ספרו 'יתן מציון' - ש"ס. בשנת תש"ן (1990) יצא לאור בשלושה חלקים ספרו 'תורה מציון' - פרשנות על התורה.
בשנת תשנ"ה (1995) יצא לאור ספרו 'תהילת ציון' - על ספר תהילים. בשנת תש"ע (2010) יצא לאור ספרו 'קהילת ציון' - מגילת קהלת.
