גדל בתורה וביראה על ברכי סבו, אבי אימי, החכם מארי שלום מנצורה, מחבר הספר 'נר מצווה' עד פטירתו בשנת תרמ"ד (1885). היה שמשו של החכם באשי, אב בית הדין, מארי אברהם קארה, היה תלמידו של החכם מארי חיים קורח, ולמד מפי החכם הזקן, מארי יחיא קהלאני.
בשנת תרמ"ד (1884) נשא לאשה את מרת סעדה בת החכם מארי יחיא אלכמרי. נולדו להם בנים ובנות, שניים מהם נפטרו בילדותם. בנם, החכם מארי שלום יחיא יצחק הלוי, עתיד לשמש ראש חכמי תימן בארץ ישראל.
בשנת תרמ"ח (1884) פסק בפולמוס בדבר המנהג בתימן להספיד תלמיד חכם ביום טוב שני של גלויות.
בשנת תרס"ב (1902) נפטר אב בית הדין בעיר צנעא, החכם מארי שלמה צלאח, וראשי הקהילה ביקשו למנות אותו לאב בית הדין. משנת תרס"ג (1903) עד שנת תרס"ה (1905) פקדו את תימן רעב ובצורת, שנים הידועות בשם 'חוזת אלנפר' (מצור החופן). על כך נוסף, בשנת תרס"ה (1905), המצור שהטילו חיילי האימאם על צנעא. הרעב הרג כחצי מתושבי העיר וגרם לרבים מתושביה לנדוד מחוץ לעיר. בין הנפטרים גם אשת נעוריו מרת סעדה, שנפטרה בדמי ימיה, והוא גלה למחוית, ולאחר מכן לד'מאר. בתום שנות הרעב, חכם מארי יחיא יצחק הלוי נשא לאישה את מרת רומיה בת החכם מארי סלימאן חבשוש, ונולדו להם שמונה בנים ובנות.
בשנת תרס"ה (1905) נבחר לשמש החכם באשי, אב בית הדין, והרב הראשי של יהודי תימן. מינויו אושר ע"י האימאם של תימן. לצידו שימשו החכמים מארי אהרון הכהן, מארי יחיא קאפח, ומארי יחיא אביץ'.
חכם מארי יחיא יצחק הלוי פרש מצודתו בכל קהילות יהודי תימן, וקבע סמכות בית הדין בצנעה עבור כל הקהילות. הוא מינה את חכם מארי יחיא נחום לשליח בית דין צנעא לבדיקת הרבנים והשוחטים בכל תימן, ולבדיקת פסיקת הדיינים בנושאי גיטין וקידושין. היה משיב בהלכה בזריזות ובתשובות קצרות לשאלות מכל רחבי תימן. הקים ישיבה בצנעה, עמד בראשה והעמיד דורות של תלמידי חכמים.
חכם מארי יחיא יצחק הלוי עמד בקשרים טובים עם אימאם תימן, ופעל להצלת יתומים מהתאסלמות כפויה. הוא סייע להבריח יתומים לעדן, שהייתה בשליטה בריטית, ומשם לארץ ישראל תוך נטילת סיכון ממשי לעצמו. הוא עמד בקשר מתמיד עם מנהיגי היישוב בארץ, ועודד את העלייה לישראל. הוא ביקש לעלות בעצמו לארץ ישראל, אך אימאם תימן אסר עליו לעזוב את תימן. כשאימאם תימן גזר לאסור על העלייה לארץ ישראל, חכם מארי יחיא יצחק הלוי קיבל ממנו היתרים בטענת איחוד משפחות עם מי שכבר עלה לארץ ישראל.
חכם מארי יחיא יצחק הלוי עמד בקשר עם קהילות יהודיות ברחבי העולם. ישנן איגרות ששלח אל החכם באשי של האימפריה העות'מאנית, חכם חיים נחום ואל החכם באשי של מצרים. עמד בקשר עם אישים שפקדו את תימן כמו יום טוב צמח שליח חברת 'כל ישראל חברים', שהגיע לתימן בשנת תר"ע (1910) ושמואל יבניאלי, שליח ההסתדרות הציונית, שביקר בתימן בשנים תרע"א-תרע"ב (1911-1912).
חכם מארי יחיא יצחק הלוי תמך בהקמת בית ספר, בו לימדו לימודים כלליים לצד לימודי קודש, בהנהגת החכם מארי יחיא קאפח, אלא בשנת תרע"ד (1914) תמך בגזירת האימאם לסגירת בית הספר. באותה שנה, חכם מארי יחיא קאפח יצא נגד לימוד ספר הזוהר ותורת המקובלים, והחלה המחלוקת הידועה בין הדרדעים לעיקשים.
חכם יחיא יצחק הלוי נפטר ביום י"א בסיוון תרצ"ב (1932) ומנוחתו כבוד בצנעא.
