גדל בתורה וביראה על ברכי אביו, החכם יעקב בן משה סבעוני, מורה הצדק בעיר מרקש.
בשנת תרל"ז (1877) התייתם מהוריו, ועבר לבית סבו, אבי אמו, חכם יעקב אבטאן, אב בית הדין במרקש, שגידלו כבן, והיה לרבו. כשבגר למד בישיבת החכם דוד שלוש, והקדיש את כל עתותיו ללימוד התורה.
חכם מרדכי סבעוני (סיבוני) נשא לאישה את מרת פיטום בת החכם דוד אבירז'ל, ונולדו להם שני בנים, תלמידי חכמים: החכם יעקב אלעזיז וחכם שמואל דוד. בתם, מרת אסתר נפטרה בצעירותה, והותירה אחריה, שלושה ילדים.
בשנת תר"ע (1910) נפטר סבו, חכם יעקב אבטאן, וחכם מרדכי סבעוני (סיבוני) החל לשמש אב בית הדין בעיר מרקש. גם עמד בראש הישיבה, והעמיד תלמידים הרבה, בתוכם חכם יעקב נחמני.
בשנת תרע"א (1911) יצא לאור בירושלים ספרו 'ישועות יעקב' - פירוש על תהילים, ובשנת תרצ"א (1931) יצא לאור בירושלים ספרו 'פרשת מרדכי' - דרושים על התורה. כן חיבר את הספר 'מור דרור' - הספדים וחידושים על הש"ס, אך לא זכה להוציאו לאור.
חכם מרדכי סבעוני (סיבוני) זכה ועלה לארץ ישראל והתיישב בירושלים בשכונת זיכרון טוביה.
חכם מרדכי סבעוני (סיבוני) נפטר ביום י"א באדר תרצ"ב (1932) ומנוחתו כבוד בבית העלמין בהר הזיתים.
