בשנת תש"ח (1948) זכה ועלה עם הוריו לארץ ישראל. גדל בתורה וביראה על ברכי אביו, חכם שלמה מערבי, שהתפרנס ממסחר, ושלח את בנו ללמוד בישיבת חכמים.
חכם מרדכי מערבי מסר שיעורים בכמה מקומות, והקדיש עצמו להפצת התורה וליראת שמיים. לימים, הצטרף לצוות המייסד של ישיבת 'ברכת יוסף' בבני ברק, ובמשך עשרות שנים שימש רב ומורה בישיבה זו, כשבראשה עומד גיסו, חכם אליהו פורת טהרני. חכם מרדכי מערבי ליווה את תלמידיו מראשית צעדיהם בישיבה, והורה להם את דרך קניין התורה ואת השמחה בלימודה. הוא אהב את תלמידיו ודאג לכל צורכיהם כאב הדואג לבניו.
חכם מרדכי מערבי השלים הסמכתו כטוען רבני, וסייע בכל כוחו להשכנת שלום בית. בסוף ימיו חלה בכליותיו, נסע לדרום אפריקה להשתלה. הוא סבל ייסורים קשים וקיבל אותם באהבה.
חכם מרדכי מערבי נפטר ביום י"ב בחשון תשס"ט (2008), ומנוחתו כבוד בית העלמין ויז'ניץ בבני ברק.
בשנת תש"ע (2009), במלאות שנה לפטירתו, יצא לאור בבני ברק ספרו 'גדולת מרדכי' - על פרשת השבוע, חידושי תורה ודברי מוסר. כן הובאו בספר גניזת כתבי חכמי דמשק, ומנהגי העיר, וכמה הספדים, שנאמרו לכבודו.
