חכם רפאל אוחנה נולד לאמו ולאביו חכם יהודה בשנת תר"י (1850) במכנאס שבמרוקו.
בשנת תרכ"ה (1865) חכם רפאל אוחנה עלה ארצה, יחד עם אביו, והם התיישבו בטבריה.
בשנת תרמ"א (1881) יצא בשליחות כולל טבריה לבוכרה, והיה הראשון לקבוע שם קופות רבי מאיר בעל הנס לטובת ישובה של טבריה. הוא התחבב על אנשי המקום וזכה שיכנוהו 'המלאך רפאל'. חכם רפאל אוחנה הוסיף לצאת בשליחות כוללות העיר טבריה למקומות נוספים: צפון אפריקה, סוריה, בגדאד והודו.
חכם רפאל אוחנה נפטר ביום כ"ז אב תרס"ב (1902) ונקבר בצפת, במערת הצדיקים הסמוכה לקבר האר"י.
בין חיבוריו: 'טובת מראה' - שבחי העיר טבריה; 'יסוד מערבי' - מוסר ותיקון הברית; 'מראה הילדים' - סגולות ורפואות; פרשת רא"ה - על פרשיות השבוע..