חכם יהודה קצין נולד לאמו לאביו בשנת תס"ח (1708) בארם צובא היא חאלב שבסוריה.
הוא היה תלמידו של חכם יוסף עבאדי, ולימים שימש כפוסק ואב בית הדין בחאלב, שבסוריה.
הוא נשאל על מחויבותם של בני הפראנקוס למנהגי המקום. הפראנקוס, הגיעו לחאלב מאירופה, ועסקו בסחר בינלאומי ובייצוג של מעצמות אירופיות. חכם יהודה קצין פסק, שהפראנקוס פטורים מהמנהגים והתקנות החלים על ילידי חאלב, הפך מפסיקת חכם שלמה לניאדו. לבסוף חכמי ארץ ישראל הכריעו כחכם יהודה קצין.
בשנת תצ"ח (1737) חכם יהודה קצין זכה ועלה לארץ ישראל. הוא שהה בארץ כחמש שנים, וחזר לארם צובא.
חכם יהודה קצין השאיר אחריו תלמידים רבים, מבין תלמידיו היה חכם ישועה עטיה.
חכם יהודה קצין נפטר ביום י' בחשוון בשנת תקמ"ד (1784) ונקבר במערת החסידים בחאלב.
חכם יהודה קצין השאיר אחריו ספרים וחידושים רבים וביניהם: 'רועי ישראל' - חידושים על הרמב"ם, 'מחנה יהודה' - שו"ת, 'וזאת ליהודה' - דרושים וחידושים על התורה.