הראשון לציון, חכם משה יוסף מרדכי מיוחס נולד לאמו ולאביו, הראשון לציון חכם רפאל מיוחס, בשנת תצ"ח (1738) בירושלים. כבר בהיותו נער נתפרסם שמו בין חכמי ירושלים, והוא נשא לאשה את בתו של הראשון לציון חכם יום טוב אלגאזי.
בימי בחרותו למד עם מרן החיד"א בישיבת המקובלים 'בית אל' וחיבר ספרים רבים בקביל למרן החיד"א. כאשר מרן החיד"א הוציא את ספרו 'שער יוסף' הוציא חכם משה יוסף מיוחס את ספרו 'שער המים', וכאשר מרן החיד"א הוציא את ספרו 'ברכות יוסף' הוציא חכם משה יוסף מיוחס את 'ברכות המים', וכאשר הוציא את 'חיים שאל' כתב את 'מים שאל' וכן הלאה.
בעת מסע נפוליאון בארץ ישראל, כשחנה ברמלה שנכבשה ללא התנגדות, נפוצה שמועה כי פניו של נפוליאון מועדות לירושלים. יהודי ירושלים השתתפו בעבודות ביצור העיר, ואף קיבלו רשות מחכם משה יוסף מרדכי מיוחס, לעבוד ביום השבת לשם כך.
בשנת תקנ"ד (1794) יצא כשליח דרבנן למצרים ובשנת תקנ"ו (1796) יצא בשליחות להודו.
בשנת תקס"ב (1802) חכם משה יוסף מרדכי מיוחס נתמנה לראשון לציון ושימש בתפקיד זה עד פטירתו.
חכם משה יוסף מרדכי מיוחס נלקח לבית עולמו ביום י"ג תשרי שנת תקס"ו (1806), ונטמן בהר הזיתים.
חכם משה יוסף מרדכי מיוחס חיבר חיבורים רבים, חלקם נותרו בכתב יד. בין חיבוריו שנדפסו: 'בריכות המים' - על ארבעה טורים, 'מים שאל' - שו"ת על יורה דעה ואבן העזר, 'שער המים' - על השו"ע, 'פני המים' - על תולדות חכמי ישראל, 'מים ראשונים' - על הרמב"ם, 'עין המים' - קרא לספר בשם זה משום שהתחיל להתעוור.