בילדותו עברה משפחתו מצנעא לעיר ביצת עדקא, שם למד את רוב תורתו מפי החכם מארי דוד מזעקי. לפרנסתו עבד החכם מארי חיים כסאר כצורף, ולאחר מכן כאורג חגורות ומלמד תינוקות.
בשנת תרפ"ט (1929), עם פטירת רבו, חזר לצנעא עם משפחתו ולמד תורה מפי החכם מארי יחיא קאפח.
החכם מארי חיים כסאר נתמנה לעמוד בראש ישיבת 'בית אלכסאר' שהייתה שייכת למשפחתו מדורי דורות, אולם עזב אותה עקב הפיכתה לישיבה דרדעית. לאחר מכן נתמנה ועמד בראש ישיבת 'בית אלשיך', שם היה מעביר שעורים מדי לילה ולפנות בוקר.
החכם מארי חיים כסאר היה לומד בצוותא בשעות הבוקר עם ראשי ישיבת 'בית אלשרעבי' חכם אהרון הכהן ובנו חכם אברהם הכהן, ובשנת תש"ד (1944) החל לכהן כראש הישיבה שם.
בשנת תש"ט (1949) זכה לעלות לארץ, והתיישב בירושלים, שם שימש כרב בית כנסת 'הגורל'.
החכם מארי חיים כסאר נפטר ביום כ"ב כסליו תשנ"ח (1997) ונטמן בהר המנוחות.
החכם מארי חיים כסאר כתב ספרים רבים, ובתוכם: 'החיים והשלום' - שו"ת, 'קיץ המזבח' - על התורה, 'שם טוב' - פירוש משנה תורה, 'דרך החיים' - ליקוטים מספריו בעניין תלמוד תורה.
