חכם חיים הכהן נולד לאמו רחל ולאביו חכם שלמה הכהן בסביבות שנת ת"ר (1839) בג'רבה שבתוניס.
ראשית תורתו מפי החכם שאול הכהן, ולאחר מכן מפי החכם אברהם הכהן. בצעירותו עסק במסחר בצמר בשליחות חכם כמוס מאזוז, שלאחר פטירת אביו, דאג לו לכל חסרונו, והוא היה מלמד את בנו, משה זקן מאזוז.
לימים התבקש חכם חיים הכהן לשמש כדיין בעיר טריפולי, בבית דינם של חכם פרג'אללה דבוש, חכם חי מימון וחכם חי רובין. שנים לאחר מכן התמנה לאב בית הדין בטריפולי.
חכם חיים הכהן נפטר ביום כ"ה סיון תרס"ה (1905) .
חכם חיים הכהן, הוציא לאור במשך חייו 19 ספרים, ספריו דנים במגוון נושאים החל מתרגום שיר השירים ועשרת הדברות, דרך פירושים על ההושענות לסוכות, ההגדה לפסח, פרוש על רבנו בחיי על התורה וכלה בליקוטי דינים לתשעה באב, דינים בענייני הלכה שונים ועוד. רשימת ספריו: 'נאווה קודש', 'מקרא קודש', 'מקראי קודש', 'מילי מחיים', 'זוכרנו לחיים', 'מצוות המלך', 'אלון בכות', 'ערב פסח', 'לב שומע', 'תורת חיים', 'אורחות חיים', 'שפתי רננות', 'מקרא ביכורים', 'שיר ידידות', 'נורא תהילות', 'ערך הכהן', 'דבר ומשפט', 'גרש ירחים', ו'חיי אריכי'.