חכם בנציון הכהן נולד לאמו ולאביו חכם יעקב הכהן בשנת תרנ"ה (1894) באי ג'רבה.
הוא למד תורה מפי חכם דוד הכהן יהונתן, ובשנת תר"פ (1920) נקרא לשמש בקודש כרבה של העיר זוארה בלוב. הוא החל בחיזוק חיי הדת בעיר, ופעל להקמת מערכת חינוך יהודית, ופעילות לצעירים. חכם בנציון הכהן פעל בזירת התרבות והאומנות. הוא השתמש ביכולת השירה והנגינה שלו לחבר את הצעירים לפעולותיו. הוא חיבר מילות קודש לשירי החול, חיבר לחנים חדשים, והקים מקהלת זמר מבכירי תלמידיו.
חכם בנציון הכהן זכה להדפיס כמה מחיבוריו: 'קרן הצבי' - מעשיות ומשלים הודפס בשנת תרפ"ד (1924); 'בני ציון' - מסכת אבות הודפס בשנת תרפ"ח (1928); 'אומר לציון' – דרושים לספר בראשית ו'לספר בציון' – הגדה לפסל הודפסו בשנת ת"ש (1940).
חכם בנציון הכהן נפטר בשנת תשל"ב (1972). יום פטירתו אינו ידוע לנו, אנו מציינים אותו ביום ז' באדר, שכל נשמות חכמי ישראל כלולות במשה רבינו.