חכם יצחק חנן נולד לאמו ולאביו בעיר שאלוניקי.
אחד מיחידי הסגולה, שבעירו שאלוניקי, היה דורש בבתי כנסיות ובבתי המדרשות, ומטיף אמריו להמון העם. רוב ידיעותיו בתורת הסוד, אין המוח תופסם, וחידושיו הם כספר חתום, שיש שלא יכלו לרדת לסוף דעתו. בשנת תמ"א (1681) ערך דבריו בעניין הוראה לחכם שלמה אמאריליו, והובא בספרו 'כרם שלמה'.
חכם יצחק חנן היה בשותפות עם אחיו יעקב ויוסף בעסקי המסחר, והם הספיקו כל צרכיו. במותו, לא השאיר אחריו ילדים, אבל שבעים שנה לאחר מותו, נכדו של אחיו, חכם יעקב חנן, קיבץ דרשותיו והוציאם לאור בשנת תקי"ז (1757) בספר 'בני יצחק', בעיר שאלוניקי.
חכם יצחק חנן נאסף לבית עולמו בשנת תמ"ז (1687). יום פטירת החכם אינו ידוע לנו, אנו מציינים אותו ביום ז' באדר, שכל נשמות חכמי ישראל כלולות במשה רבינו.
חכם יצחק חנן השאיר כמה חבורים: 'מקנת כסף'; 'בארות חמר'; 'שאלות ותשובות'; 'ליקוטים שונים' - כולם הובאו בתוך הספר 'בני יצחק'.