חכם שמעון בן אליהו סופר נולד לאמו ציפורה ולאביו חכם אליהו בשנת תקצ"ג (1843) בבוכארה.
אביו היה שוחט וסופר סתם, שהגיע לבוכארה מבבל, ואמו היתה נכדתו של חכם יוסף ממן, שנולד בטיטואן במרוקו, עלה לארץ והתיישב בצפת. במסעותיו כשליח דרבנן לפרס, הגיע לבוכארה בשנת תקנ"ג (1893), והחליט להישאר במקום ולחזק את חיי הקהילה. הוא הקים ישיבה, והקנה ליהודי בוכארה את מסורת יהודי ספרד.
חכם שמעון בן אליהו נשא לאשה את אסתר. עשרה משנים-עשר ילדיהם מתו, ונותרו להם בן בשם פנחס ובת בשם שרה. המשפחה חיה בתנאים קשים ובעוני רב.
בשנת תר"ן (1890) זכה ועלה עם משפחתו לארץ ישראל, והתיישב בירושלים. בשנת תרנ"א (1891) שב לבוכארה, לענייני עסקים, ושב חזרה בשנת תרנ"ב (1891). הוא חיתן את בנו, פנחס, עם בתו של חכם אברהם פראג, אך בנו מת כעשרה חודשים אחרי חופתו.
חכם שמעון בן אליהו חכם עסק בתרגום ספרים מעברית לניב יהודי-תג'יכי, ולמעשה, הוא יצר את השפה הספרותית של יהודי בוכארה. בין 32 ספריו נמצא גם תרגום לתנ"ך, מספר בראשית עד אמצע ספר ישעיהו,
חכם שמעון בן אליהו חכם נפטר ביום י' שבט תר"ע (1910) ונקבר בהר הזיתים.
לבד מתרגומיו, הוא חיבר 3 ספרים: 'זכר צדיק', 'פרי עץ הדר', ו'מקראי קודש'.