ראשית תורתו למד מפי אביו חכם שלמה פינטו, שנפטר בשנת תקכ"א (1761), ומפי דודו החכם כליפא מלכא.
בשנת תקכ"ה (1765), הסולטן מוחמד בן עבדאללה, החליט להקים את העיר אסואירה על בסיס היישוב מוגאדור. הוא בנה נמל חדש, ואסר על סוחרים אירופאים לעגון בנמלים אחרים במרוקו. הסולטן בחר עשר משפחות של יהודים לפתח את סחר החוץ של מרוקו. הוא קרא להם לבוא לאסואירה, העניק להם זכויות עודפות במסחר, ופתר אותם מתשלום המס המיוחד, שהוטל על יהודים.
חכם חיים פינטו עבר עם משפחתו אל העיר אסואירה, יש אומרים בשל רעידת אדמה בעירו אגאדיר. קרוב משפחתו מאיר פינטו, סגן הקונסול הצרפתי באסואירה, סייע בידו והכניסו לישיבת רב העיר, ואב בית הדין, החכם יעקב ביבאס, שם למד יחד עם החכם דוד בן חזן. בשנת תקכ"ט (1769), נפטר החכם יעקב ביבאס, וחכם חיים פינטו, התקבל כרב העיר ואב בית הדין, למרות גילו הצעיר, יחד עם החכם המקובל דוד בן חזן.
חכם חיים פינטו היה קשוב לצורכי עדתו, ובדאגתו לעניי עירו. דרכו להיות ענו עם כל אדם, ותקיף בענייני הלכה על-כן כונה: 'אביר לב'. היה ידוע בקולו הערב, חיבר ושר פיוטים והיה בקשר עם המשורר החכם דוד חסין ממכנאס.
בשנת תקנ"ב (1792) תפס את השלטון מולאי סלימאן בן מוחמד, שלא כאחיו מולאי יזיד, שיצא למסע רצח ואסלום בכפייה של יהודי מרוקו, מולאי סלימאן השיב את הביטחון ליהודי מרוקו, אלא שבהוראתו, היהודים חויבו, לגור בשכונות נפרדות מהמוסלמים. בשנת תקס"ח (1808), נגזרה גזירת 'תחום המושב' על יהודי אסואירה, כ-6,000 יהודי אסואירה עברו לגור בשכונה היהודית. רק משפחות 'סוחרי הסולטאן', הורשו להמשיך לגור בביתם.
חכם חיים פינטו נודע כבעל מופתים, מלומד בניסים, פועל ישועות, שברכותיו מתקיימות. ידוע מעשה במכת הארבה, שנחתה על אסואירה, שעמד בתפילתו ושופרו בידו עד שסילקם מכל סביבות העיר. ומעשה שלא ירד הגשם עד חודש אדר ב', והתיר חכם חיים פינטו את אדר ב' מנידויו עד שפרצו הגשמים. משמשו החכם אהרון בן חיים זכה לשמוע אליהו מתגלה בפניו, וחכם מכלוף לוב (ליסאע) זכה לראותם לומדים יחדיו. הוא הותיר אחריו ארבעה בנים: חכם יהודה, חכם יוסף, חכם יאשיהו וחכם יעקב. נכדו הוא חכם חיים פינטו (הקטן) מקזבלנקה.
חכם חיים פינטו נפטר ביום כ"ו אלול תר"ה (1845), ונטמן בבית הקברות הישן באסואירה. שמורה הבטחתו לתלמידיו כי מי שיתפלל על קברו, ביום פטירתו ייענה ברחמים.
הפיוט שחיבר 'אלי ארוממנהו' לכבוד חנוכה, הודפס בספר שירי ידידות. יתר חיבוריו אבדו לנו, בפלישת ספרד למרוקו בשנת תר"כ (1860), אך סיפורים רבים על מעשי צדקתו, נשמרו והועברו מדור לדור. מקצת סיפורי מעשיו יצאו לאור בספר 'שבח חיים' לחכם מכלוף בן יעיש מזל תרים, שיצא לאור בשפה הערבית, בקזבלנקה, בשנת תרצ"ט (1938), ותורגם לעברית ע"י הרב דוד הכהן.
