חכם ציון הכהן נולד לאמו ואביו חכם אבאתו הכהן בשנת תרי"ח (1858) בעיר ג'רבה שבתוניס.
בינקותו, מתה עליו אמו, והוא בן שישה חודשים. הוא גדל על ברכי אחותו הגדולה ולאחר מכן ע"י אשת אביו, בתו של החכם כליפה עידאן. ראשית תורתו מפי חכם דוד הכהן בחארת לכבירה בג'רבה, ולאחר שאביו עבר ליישוב דיגת בג'רבה, לשמש שם בדיינות, למד מפי חכם רחמים חורי.
חכם ציון הכהן למד את מלאכת הצורפות והתפרנס ממלאכה זו, עם זאת המשיך והתעלה בלימוד התורה. הוא נשא לאישה את מרת מבריכה, נכדתו של חכם יוסף כהן, ונולדו להם מספר ילדים. ביתם, שאשונה, נשיאה לחכם יוסף סוסו הכהן, שלימים שימש סגן הרב הראשי לתוניסיה. בנם חכם יעקב הכהן, שימש רבה של העיר צפאקס.
לימים, התמנה חכם ציון כהן למרביץ תורה בעיר צפאקס שבתוניס. תפקיד, בו שימש כארבעים שנה עד פטירתו. הוא נודע בצדקותו הרבה, היה מכניס אורחים וגומל חסדים, נוח לשמים ונוח לבריות.
חכם ציון כהן נפטר בשנת תש"ג (1943) והובא למנוחת עולמים בעירו צפאקס. יום פטירתו אינו ידוע לנו, אנו מציינים אותו ביום ז' באדר, שכל נשמות חכמי ישראל כלולות במשה רבינו.
חכם ציון כהן כתב חידושים על התורה והם יצאו לאור בספרו 'יושיע ציון', שיצא לאור בג'רבה בשנת תש"ח (1948) יחד עם חיבור של נכדו, חכם אברהם הכהן 'מלל אברהם'.