חכם שמואל בן זקן נולד לאביו שלמה ולאמו בשנת ת"ל (1670), כנראה בפאס במרוקו.
תורתו למד מפי החכם יהודה עוזיאל ומפי החכם יהודה בן עטר, רבם של יהודי פאס. היה תלמיד חבר ליעב"ץ, החכם יעקב אבן צור, ששימש אב בית הדין בפאס לאחר מות רבו החכם יהודה בן עטר. והיה חבר לחכמי פאס בני דורו, ובתוכם חכם שם טוב בן אמוזג וחכם עמנואל סרירו. אנו יודעים פרטים מעטים על תולדות חייו של חכם שמואל בן זקן. ודי שנחשב בתוך חכמי פאס מתקופתו. את חידושיו למסכת חולין סיים לכתוב בשנת תפ"ט (1729), ואת חידושיו למסכת בבא קמא סיים לכתוב בשנת תצ"ז (1737).
יום פטירתו אינו ידוע לנו, אנו מציינים אותו ביום ז' באדר, שכל נשמות חכמי ישראל כלולות במשה רבינו.
בין חיבוריו: 'גפן פוריה' - חידושים על הש"ס ושו"ת, וספרו 'פרי עץ הגן': שני חלקים - פירושים על התנ"ך, הועתקו לראשונה בכתב יד, בעיר מכנאס ע"י החכם מאיר בן משה טולידאנו, שסיים כתיבתם ביום ט"ז אייר תקל"ה (1775). כתבי היד נקנו ע"י נין ונכד של חכם שמואל בן זקן, מר שמואל בן זקן מן העיר טאנטה במצרים, ויצאו לאור לעילוי נשמת אשתו מרת גוהרא בשנת תרס"ד (1904) בירושלים בהגהת החכם בן ציון אברהם קואינקה, ראש ישיבת 'תפארת ירושלים', ורבה העיר חברון. חיבורו 'פרי מגדים' נותר בכתב יד, וברוב השנים, אבד לנו.