חכם רפאל יהודה ישראל, נולד לאמו ולאביו חכם חיים אברהם ישראל בשנת ת"ק (1740) ברודוס.
סבו, חכם משה ישראל, יליד ירושלים, היה רבה של רודוס, בעל השו"ת 'משאת משה'. בשנת תק"ד (1744) עבר עם משפחתו לאי כריתים, שם אביו, חכם חיים אברהם ישראל, שימש כבה של העיר חאניה באי כריתים, ובשנת תק"י (1750) שימש רבה של העיר קאנדיה באי כריתים. בשנת תקי"ח (1758) עבר עם הוריו לאלכסנדריה, ובשנת תקכ"ט (1769) עבר עם הוריו לליוורנו. בשנת תקל"ח (1778) עבר אביו לעיר אנקונה, שם סייע ביד אביו להוציא לאור את ספר השו"ת של חכם שלמה בן אדרת.
בשנת תקמ"א (1781) הוציא לאור בליוורנו את הספר 'מגן גיבורים' של החכם שמואל די אבילה. בספר הסכמות גדולי ישראל בדורו, ובתוכם מרן החיד"א, חכם חיים יוסף דוד אזולאי, המכנה את חכם רפאל יהודה ישראל בן תורה ובן אבות, וחכמי ליוורנו ובתוכם חכם דוד מלאך ואחרים המכנים אותו 'פרי צדיק עץ חיים'.
בשנת תקמ"ה (1785) נפטר אביו. חכם רפאל יהודה ישראל השתדל בהוצאת ספרי אביו. בשנת תקמ"ו (1786) הוציא לאור הספר 'בית אברהם' ו'מאמר המלך', יחד עם אחיו חכם משה ישראל שהיה רבה של אלכסנדריה, ובשנת תקמ"ז (1787) הוציא לאור את ספר אביו: 'אמרות טהורות'.
בשנת תקנ"ו (1796) חכם רפאל יהודה ישראל הוציא לאור את הספר שלו 'שומר מוסר'.
חכם רפאל יהודה ישראל נפטר בשנת תקס"ה (1805), יום פטירתו אינו ידוע לנו, אנו מציינים אותו ביום ז' באדר, שכל נשמות חכמי ישראל כלולות במשה רבינו.