חכם דוד ניטו נולד לאביו פנחס ולאמו בשנת תי"ד (1654) בוונציה.
ראשית תורתו מפי החכם שמואל אבוהב, רבה של ונציה, ובנעוריו עברה משפחתו לעיר רג'יו. הוא למד בעיר פאדובה רפואה ופילוסופיה, והוסמך לרבנות. לאחר נישואיו עבר לעיר ליוורנו, שם עמד בראש ישיבת 'שערי חוכמה', ושימש רופא הקהל. בשנת תס"א (1701) עבר לעיר לונדון, שם החליף את חכם שלמה אאיליון, כראש הקהילה הספרדית-פורטוגזית 'שערי שמיים', ושימש כרבה של העיר.
בשנת תס"ד (1704) פרצה בקהילת לונדון מחלוקת סביב השקפותיו של חכם דוד ניטו בדבר ההשגחה בטבע. הוא חיבר ספר באיטלקית בשם 'ההשגחה הא-לוהית', והיו שראו בדבריו קרובים לדעותיו של ברוך שפינוזה. לבסוף פנו לדין תורה אצל רבי צבי הירש בהמבורג, אשר הכריע לטובתו.
בשנת תע"ד (1714) פרצה בקהילת אמסטרדם מחלוקת עם בואו של נחמיה חייא חיון לאמסטרדם, שהיה חשוד בשבתאות. חכם משה חאגיז, מחכמי הספרדים מירושלים, חבר לרבי צבי הירש, רב הקהילה האשכנזית באמסטרדם להטלת חרם עליו. מאחר ולא קיבל את סמכותו של חכם שלמה אאיליון, רבה של אמסטרדם, וראש הקהילה הספרדית-פורטוגזית, סירב להצטרף לבית דין לעניין זה בראשותו של חכם שלמה אאיליון, והטיל חרם טרם הדיון, סולקו הוא וחכם משה חאגיז מאמסטרדם ועברו ללונדון אצל חכם דוד ניטו. חכם דוד ניטו, שהיה אף הוא ממתנגדי השבתאות, חיבר בשנת תע"ו (1716), את חיבורו 'אש דת' כנגד נחמיה חייא חיון
חכם דוד ניטו, שהיה בעצמו בן לצאצאי אנוסים, טיפל באנוסים הרבים, שהגיעו מספרד ומפורטוגל, ושבו אל היהדות. לצד העיסוק בפולמוס עם הדת הנוצרית הוא חיבר ספרי עזר קצרים לידיעת הלכות. את ספרו החשוב 'מטה דן'- הכוזרי השני, הקדיש להוכחת אמיתות התורה שבעל-פה, שהייתה מעורערת אצל האנוסים.
חכם דוד ניטו נפטר ביום כ"ח טבת תפ"ח (1728) בלונדון. את מקומו מילא בנו, חכם יצחק ניטו.