חכם יצחק נבון נולד לאביו חכם יהודה נבון בשנת תצ"ג (1733) בקושטא.
גדל על ברכי התורה והיראה במשפחת חכמים. סבו הוא חכם אפרים נבון מחבר 'מחנה אפרים', ואביו הוא מחבר הספר 'קריית מלך רב'. אחיו חכם אפרים נבון וחכם רפאל נבון, ידועים כתלמידי חכמים אף הם.
זכה ועלה לארץ ישראל, והתיישב בעיר ירושלים.
חכם יצחק נבון נפטר, בן 54, ביום ח' כסליו תקמ"ז (1787)
ספרו 'דין אמת' - הלכה, יצא לאור בשנת תקס"ג (1803), על ידי בנו חכם חיים יהודה נבון בעיר שאלוניקי.