חכם יהושע רפאל בנבנישתי נולד לאמו ולאביו חכם ישראל בשנת ש"נ (1590) בעיר קושטא שבתורכיה.
גדל לתורה וליראה במשפחה של תלמידי חכמים. אחיו הבכור הוא חכם אליעזר בנבנישתי ואחיו הצעיר הוא חכם חיים בנבנישתי, מחבר הספר 'כנסת הגדולה'. בשל מחלה קשה שפקדה אותו בילדותו, הוסיפו לשמו את השם רפאל. ראשית תורתו למד מפי החכם באשי, חכם יוסף מטראני, המהרי"ט. גדל והיה לאחד מחשובי חכמי קושטא. השתלם בחכמת הרפואה, השירה והדקדוק, והיה בקשר לקהילת היהודים הקראים בתורכיה, ששלחו אליו שאלות. היה חשוך ילדים אבל אימץ בן, וזכה לראות בחתונתו.
בשנת תכ"ב (1662) יצא לאור בקושטא, הכרך הראשון של ספרו 'שדה יהושע' - סדר זרעים, פירושו על התלמוד הירושלמי. חמשת הכרכים הנוספים נדפסו, לאחר מותו, בקושטא בשנת תק"ט (1749). בשנת תל"ז (1677) נדפס, לאחר מותו, ספרו 'אזני יהושע' - דרושים בנושאים של אמונה והשקפה. חיבורו 'לבוש מלכות' – פיוט ליום הכיפורים נדפס בירושלים בשנת תרס"ג (1903), ותשובותיו נדפסו בספר 'שער יהושע', שיצא לאור בהוסיאטין (אוקראינה) בשנת תרס"ד (1904).
חכם יהושע רפאל בנבנישתי נפטר בשנת תכ"ח (1668), בגיל 78. יום פטירתו אינו ידוע לנו, אנו מציינים אותו ביום י"ג אלול, יום סיום כתיבת ספרו 'שדה יהושע - סדר זרעים'