תורתו למד מפי אביו, החכם המקובל יעקב פינטו, תלמידו של החכם אברהם אזולאי. אביו היה ראש ישיבה ואב בית הדין בעיר מראכש, ומחבר הפירוש על הזוהר 'מקדש מלך', שיצא לאור בחייו, בשנת תק"י (1750), בידי חכם שלום בוזגלו, בעיר אמסטרדם. חכם יוסף פינטו גדל בתורה וביראה, בנגלה ובנסתר, ונמנה עם חכמי מראכש.
בשנת תקמ"ח (1788) חכם יוסף פינטו חתום על פסק דין יחד עם החכם אברהם אזולאי, החכם שלום הכהן אלחדאד, והחכם יוסף שם טוב, כפי שמופיע בספר 'הנר המערבי - קונטרס הטרפיות'.
באחד הימים התגלה לחכם יוסף פינטו כוונה בתפילה, שלא כפי מנהג חבורת המקובלים בעירו מראכש. בעצה אחת עם אביו, החכם יעקב פינטו, החליט לעבור לכפר הברברי תאורירת (וורז'אז'את), שם אינו תלוי במנהג המקום, ויוכל לכוון כפי השגתו. חכם יוסף פינטו עבר לשם, וייסד שם ישיבה ללימוד קבלה אך באחד הימים חלה במגיפה ומת.
חכם יוסף פינטו נפטר בשנת תק"פ (1820), ומנוחתו כבוד בתאורירת (וורז'אז'את).
ספרו החשוב 'לקח טוב', זכה לעשרות העתקות בכתב יד, וצוטט בספרים רבים של חכמי מרוקו. בשנת תר"ס [1900] כתבו חכמי מראכש המלצה על כתבי חכם יוסף פינטו, שם תואר כחסיד, קדוש ופרוש, מלומד בניסים, 'אשר יצק מים על ידי אליהו הנביא, זכותו יגן עלינו אמן'. בשנת תשע"א (2011) יצא לאור הספר 'אנשי אמונה: תולדותיהם, חייהם ופועלם של צדיקי בית פינטו זיע"א', בהוצאת מכון 'פניני דוד' בירושלים, ובו מידע על משפחת פינטו לדורותיה.
מועד פטירתו אינו ידוע לנו אנו מציינים אותו ביום ו' באב, יום בו סיים החכם דוד בן אהרון אלפאסי להעתיק את ספרו של חכם יוסף פינטו 'לקח טוב' בכתב יד בשנת תרל"ו (1876), והוא אחד מכתבי היד הקדומים לחיבורו של חכם יוסף פינטו. מכתב יד זה, מכון פי ישרים, הוציא לאור בשנת תשס"ט (2009) בירושלים את הספר 'לקח טוב' - דרשות רבי יוסף פינטו בשלושה חלקים.
