חכם נסים פרץ נולד לאביו מימון ולאימו סוליקה בשנת תש"ז (1946) בעיר דאדס, הסמוכה למראכש במרוקו.
בשנת תשי"א (1951) זכה ועלה לארץ ישראל, בהיותו בן 5, לאחר המתנה לעלייה בעיר סטאט, במרוקו. הוריו עבור להתגורר במעברת ירוחם. הוא נחטף עם כמה ילדים נוספים ע"י בדואים, ושוחררו ע"י הצבא. מיד לאחר מכן, הוריו עזבו את ירוחם ועברו לגן יבנה למעברת התימנים, שם למד מפי מארי, ובבית הספר האזורי.
בשנת תשי"ח (1957) עבר ללמוד בפנימיית 'שערי שלום' במסמיה. בשנת תשכ"א (1960) עבר לישיבת 'נחלת ראובן' בפתח תקווה' מפי רב העיר הרב ראובן כץ והרב יוסף ברוכמן. בשנת תשכ"ד (1963) עבר לישיבת תיכונית 'אוצר התלמוד', ותוך שנה אחת, עמד בבחינות הבגרות בהצטיינות. משם עבר לישיבת חברון בירושלים.
חכם נסים פרץ נשא לאישה את רחל, בתו של חכם רפאל אבוהב, ונולדו להם 13 ילדים. מחותנו למד את מלאכת במילה. לאחר נישואיו החל להעמיק בחכמת הקבלה ולמד מפי רבו, המקובל, החכם מרדכי שרעבי, בירושלים.
בשנת תשמ"ד (1983), לאחר פטירת רבו, חכם נסים פרץ השתקע בעיר בני ברק. הוא ייסד את מוסדות 'בית אל', ובהם בית מדרש ובית כנסת, ישיבה קטנה 'מסילת ישרים רמ"ח לוצאטו', תלמוד תורה 'תורת ישעיהו', כולל אברכים וכולל 'חצות' בו שוקדים הלומדים על לימוד תורת הנסתר מחצות הלילה עד הנץ החמה.
חכם נסים פרץ נפטר, מדוכא בייסורים, ביום כ"ח בשבט תשע"ב (2012), ונטמן בבית העלמין ויזניץ' בבני ברק.
לאחר מותו, יצא לאור בבני ברק, בשנת תשע"ח (2018) הספר 'שגבינו נורא' - בעקבות עולמו של חכם ניסים פרץ בידי הרב יעקב פרידמן בהוצאות מכון 'פרדם ניסים'.