מקצת שבחו
חכם משה רפאל דה אגילר נולד לאמו ולאביו יצחק ישראל, ככל הנראה בשנת ש"ס (1600)בליסבון בפורטוגל.
הוריו היו מן האנוסים שברחו לאמסטרדם ושבו ליהדותם. אביו היה גזבר חברת 'ארץ הקודש', שעל יד קהל 'בית ישראל' באמסטרדם. גדל בתורה וביראה על ברכי חכמי אמסטרדם ובראשם חכם שאול בן יוסף הלוי מורטירה.
בשנת ת"ב (1642) נלווה אל חכם יצחק אבוהב דה פוניסקה למסעו אל הקולוניות הולנדיות בברזיל. הוא התיישב ברסיפה שבמדינת פרנמבוקו, ושימש רב וחזן בקהילות 'צור ישראל' ו'מגן אברהם'.
בשנת ת"ז (1647) הועלה על המוקד בליסבון, בן אחותו, יצחק דה קאסטרו טאראש, הי"ד, בידי האינקוויזיציה.
בשנת תי"ד (1654) כבשה פורטוגל את ברזיל מיד הולנד. חכם משה רפאל דה אגילר נאלץ לנוס על נפשו חזרה לאמסטרדם. הוא לימד בחברת 'כתר תורה' בהנהגת חכם שאול בן יוסף הלוי מורטירה, ובשנת תי"ח (1659) החל ללמד גמרא ודקדוק בישיבת 'עץ חיים'. בשנת תכ"א (1661) מונה לדיין בבית הדין בראשות חכם יצחק אבוהב דה פוניסקה. בשנת תכ"ו (1666) החל לשמש ראש ישיבת 'גמילות חסדים'. בשנת תכ"ח (1668) יצא לאור בהסכמתו ספרו של חכם אברהם פימינטיל 'מנחת כהן'.
חכם משה רפאל דה אגילר החזיק בביתו באמסטרדם ספרייה גדולה של ספרים עבריים. חכם שבתי בס, שהיה בקשר עימו, נעזר בה לכתיבת ספרו הביבליוגרפי 'שפתי ישנים'. חכם משה רפאל דה אגילר חיבר כעשרים חיבורים, מקצתם בעברית ומרביתם בפורטוגזית. חיבוריו: 'זכר רב' - מדרשים ו'ספר המעשים' - מעשיות מן התלמוד, נותרו בכתב יד, ונעלמו מאיתנו. הודפסו שניים מחיבוריו בפורטוגזית: 'דקדוק הלשון העברית', ו'דיני שחיטה ובדיקה'.
חכם משה רפאל דה אגילר נפטר ביום י"ב טבת תל"ט (1679).
מדברי הרב בעניין 'לימוד התורה' מלמד קוצר המשיג ועומק המושג בדברי רבותינו הפוסקים
אף גם זאת, בהיות כל דיני תורתנו מבוארים בספרי רבותינו הפוסקים, עליהם השלום, חדשים גם ישנים. מקום הניחו להתגדר בו, לחכמים הבאים אחריהם, ושותים בצמא את דבריהם. בין בסדר הדברים אשר באו מפוזרים ומעורבים. ובין בעניינם מכמה פנים. הלא המה מקוצר המשיג ועומק המושג מדבריהם הסתומים והחתומים, כי ליבם כפתחו של אולם. ובדורותינו אלה נתמעטו הלבבות וקצרה יד שכלנו, לבוא עד תכונת כוונתם. זאת ועוד מצד רוב המחלוקות ודעות מדעות שונות, לא ראי זה כראי זה, אשר נמצאו בכמה דינים, והצד השווה שבהם קשה מאד להשיגו. ולהכריע ביניהם ברוב מנין ורוב בנין או על פי השכל והסברא הנכונה, רחוק רחוק מי ימצאנה. ומה גם הדינים המתחדשים בכל יום כי לא יוצא לאור משפטם, רק איש חכם ונבון, להבין דבר מתוך דבר. 'החכמה מאין תמצא ואיזה מקום בינה'.
חכם משה רפאל דה אגילר, 'מנחת כהן' לרבי אברהם פימינטיל, הסכמה לספר, אמסטרדם, תכ"ח (1668) מתוך 'החכם היומי'
מדברי הרב בעניין 'אהבת ישראל' מלמד זכות על האנוס כתינוק הנשבה, שיש חלק לעולם הבא
מסכת שבת: 'תינוק שנשבה לבין הנכרים, וגר שנתגייר בין הנכרים, ועשה מלאכות הרבה בשבתות הרבה, אינו חייב אלא חטאת אחת, וחייב על הדם אחת, ועל החלב אחת, ועל עבודה זרה אחת, ומונבז פוטר'. - היהודים האנוסים הם בדין 'תינוק שנשבה בין הנכרים, וגר שנתגייר לבין הנכרים', מה אלה מכפרים על עוונם בקרבן חטאת, כך מכפרים האנוסים על עוונם בריצוי עונש המקביל לקרבן האמור. ואם נלך בשיטת התנא מונבז, הפוטרת את התינוק ואת הגר האמורים אף מן החטאת, הרי פטורים האנוסים מעונש כלשהו, וזכאים הם, אף בלעדיו, שיהיה להם חלק לעולם הבא.
חכם משה רפאל דה אגילר, מתוך 'מנצרות ליהדות' ליוסף קפלן, עמ' 105, מאגנס, ירושלים, תשמ"ג (1983) מתוך 'החכם היומי'
מדברי הרב בעניין 'בין ישראל לעמים' מלמד זכות על נוכרים המקיימים שבע מצוות לפי צו שכלם
משנה תורה, הלכות מלכים: 'כל המקבל שבע מצוות ונזהר לעשותן, הרי זה מחסידי אומות העולם, ויש לו חלק לעולם הבא, והוא שיקבל אותן ויעשה אותן, מפני שציווה בהן הקדוש ברוך הוא, והודיענו על ידי משה רבינו, שבני נוח מקודם נצטוו בהן, אבל אם עשאן מפני הכרע הדעת, אין זה גר תושב ואינו מחסידי העולם אלא מחכמיהם' - אם נפרש מילים אלה כפשוטן, הרי לפנינו סברה אישית, שאין לה יסוד בתורת החכמים הקדמונים, ואף נוגדת היא את השכל, כפי שציינו זאת מפרשיו; ומכאן שצריך לפרש ולהבין מילים אלה על פי כוונתן - כדי להיוושע חייב הנוכרי לקיים את המצוות האמורות כדבר הרצוי לא-לוהים ... כי מה שמזכה בעיקרו את האדם לחיי נצח היא פעולתו מאהבת א-לוהים ומכבוד ויראה כלפיו ... אלה אשר אינם יודעים שהמצוות האמורות נצטוו על ידי א-לוהים לנח ולמשה, אך הם מקיימים אותן על פי צו השכל הטבעי, מתוך ידיעה שבכך הם משרתים את א-לוהים ומשביעים את רצונו, ברי שרבי משה בן מימון לא ישלול מהם את חלקם בחיי הנצח העתידים.
חכם משה רפאל דה אגילר, מתוך 'מנצרות ליהדות' ליוסף קפלן, עמ' 106, מאגנס, ירושלים, תשמ"ג (1983) מתוך 'החכם היומי'
מדברי הרב בעניין 'אהבת ישראל' מלמד להתפעל לא מקומץ הרשעים, אלא מהצדיקים והתמימים
אפילו אם נסכים שיש בקרב עם ישראל, כמו בכל עם אחר, רשעים ורמאים; אין רשעותם נובעת מקיום תורתם, שכן זו מורה לנהוג בצדק וביושר, אלא מן המצוקה והדלות שבחיי הגלות, שכן מתקיימים הם דרך נס, כי נמנע מהם להשתמש באמצעים הנהוגים אצל תושבי הארצות בהן הם חיים. על כן יש להתפעל לא מקומץ הרשעים שביניהם, אלא מן הצדיקים והתמימים שהם רוב מניינם. אף גורלו של העם הזה, שחטאיו של האחד מיוחסים לכלל כולו; אחד הוא החוטא ומיד מתפשטת השמועה שיד כל היהודים בדבר.
חכם משה רפאל דה אגילר, 'מקומו של הרב משה רפאל ד'אגילר ...', יוסף קפלן, עמ' 98, דברי הקונגרס העולמי למדעי היהדות, תשל"ג (1973) מתוך 'החכם היומי'
מדברי הרב בעניין 'מסורת אבות' מלמד שמרשיעם בשל יהדותם, אך סיבתו היא גזל רכושם
' ... ויתן את רשעים קברו, ואת עשיר במתיו על לא חמס עשה ולא מרמה בפיו' - ואין לך קבר רשעים, אלא קברם של אלה אשר נטבחו דורות רבים על ידי בתי דין האינקוויזיציה, כי אחר שגופותיהם נהפכו לאפר מכריזים עליהם כעל נבלות, נטולי כל תארים, זכויות וכיבודים, ונידונים בהכרזות פומביות ככופרים ומינים לעיני המון רב המתכנס לשמוע כל אלה. 'ואת עשיר במתיו' - העילה להרשעתם היא כביכול יהדותם, אך הסיבה העיקרית היא לעיתים תכופות השאיפה לגזול רכושם.
חכם משה רפאל דה אגילר, מתוך 'מנצרות ליהדות' ליוסף קפלן, עמ' 299, מאגנס, ירושלים, תשמ"ג (1983) 'מקומו של הרב משה רפאל ד'אגילר ...', יוסף קפלן, דברי הקונגרס העולמי למדעי היהדות, 98, תשל"ג (1973) מתוך 'החכם היומי'