1950-1874שנים רבות סירב למלא משרות רבניות, אך בשנת תרע"ז (1917), עת נפטר חכם משה זקן מאזוז, הסכים למלא מקומו ונתמנה לחבר בית הדין בג'רבה. בשנת תרצ"ה (1935) ועד מותו שימש כראש אב בתי הדין. חכם כַלְפוֹן משה הכהן תיקן תקנות חשובות, ועמד על משמר הדת בכל רחבי האי. נהג לקיים בכל שבת בביתו שיעורים בש"ס ובפוסקים והקנה לתלמידיו את כלי פסיקת ההלכה. החכם היה ידוע בצניעותו והזדהותו עם עניי הקהילה. הוא אף נמנע מלאכול בשר בימי החול וסירב בכל תוקף ליהנות ממעמד מיוחד בתפקידיו הציבוריים.
בשנת תרע"ט (1919) היה ממקימי תנועת 'עטרת ציון', שדגלה בעלייה לארץ-ישראל, תמכה במוסדות היישוב ובהוראת השפה העברית. חכם כַלְפוֹן משה הכהן גם רכש דונם אדמה בבית הכרם בירושלים. בחיבורו 'גאולת משה' הוא מציע הצעות מפורטות למבנה מדינת ישראל, לכשתוקם. החכם התכתב עם הנציב העליון הבריטי, והיה בקשר רצוף עם ראשי התנועה הציונית בעולם. לימים, כשקמה המדינה, התקין לחגוג את יום עצמאותה באי ג'רבה במשך שלושה ימים.
בשנת תש"ג (1943) פלשו הנאצים לג'רבה. אף שהנאצים הובסו, המלחמה דרדרה את מצבו הבריאותי. בשנת תש"ט (1949), החכם שלח את בנו שושן לתוניס להסדיר את אישורי עלייתם ארצה, אך עקב החמרה במצב בריאותו, בוטלה עלייתו לארץ.
חכם כַלְפוֹן משה הכהן חיבר כארבעים חיבורים, חלקם יצאו לאור עוד בחייו, חלקם אחר פטירתו, חלקם עדיין בכתב יד. מחיבוריו הנודעים והחשובים: שו"ת 'שואל ונשאל' - ט' חלקים, 'ברית כהונה' - ד' חלקים חידושים על השולחן ערוך ואוסף מנהגים, 'דרש משה' - דרושים, 'יד משה' - על התורה.
חכם כַלְפוֹן משה הכהן נפטר ביום שבת בי"ח בטבת תש"י (1950) ונקבר בג'רבה. בז' בחשוון תשס"ו (2005), 55 שנה לאחר פטירתו, הועלו עצמותיו לישראל, והוא נקבר בהר המנוחות בירושלים.
