חכם עומר אביטבול נולד לאמו ולאביו שלמה בשנת תקמ"ב (1782) בעיר צפרו שבמרוקו
בשנת תקנ"ח (1798) נשא לאישה את מרת דונה אלבאז ונולדו להם עשרה ילדים.
חכם עומר אביטבול עסק לפרנסתו במסחר, והיה יושב והוגה בתורה בלילות.
חכם עומר אביטבול היה ידוע בהכנסת האורחים שלו וביתו היה פתוח לכל אדם. חכם יעקב אבוחצירא - האביר יעקב, כל אימת שהגיע לצפרו מתאפילאלת היה מתארח בביתו.
חכם עומר אביטבול נשא ונתן עם חכמי דורו ביניהם חכם יצחק בן וואליד, חכם יוסף בירדוגו, חכם עמרם אלבאז ועוד. הוא השאיר אחריו תלמידים רבים, ביניהם חכם משה רפאל אלבאז - הרמ"א.
חכם עמור אביטבול נפטר לאחר מחלה ארוכה, ביום א' שבט תרי"ד (1854).
חכם עומר אביטבול כתב ביאורים וחידושים רבים לתורה, חידושים אלו הוצאו לאור בספרים הבאים: 'מנחת העומר - שו"ת', 'עומר התנופה - ביאורים על התורה', 'עומר מן' - דרושים לפרשיות התורה', 'עת הזמיר '- אגרות ומליצות', 'שירת העומר - ביאורים על אגדות חז"ל', 'שירת העומר - שירים ופיוטים'