חכם רפאל מאיר פאניז'ל נולד לאמו שרה ולאביו יהודה בשנת תקס"ד (1804) בבולגריה. בשנת תקס"ז (1807), והוא בן 3, עלה לארץ ישראל עם הוריו. בשנת תקע"ט (1819), והוא בן 15, מת עליו אביו. הוא ואימו נותרו חסרי כל. בשנת תקפ"א (1821) נשא לאישה את וויזאנה בת החכם אשר הלוי, מגדולי רבני ירושלים.
בין השנים תקפ"ח-תק"ץ (1828-1830) נסע בשליחות רבני ירושלים לתוניס, מרוקו, לוב ואלג'יר לטובת עניי ירושלים. בשנת תקצ"א (1840) נסע לערי איטליה בשליחות ישיבת חברון, ושם השלים בין שני חלקי קהילת רומא, שהיו פרודות. משהגיע הדבר לאוזני האפיפיור, הזמינו לסיור בגנזי הוותיקן, לחזות בשרידי כלי המקדש.
בשנת תר"ג (1843), עם חזרתו לירושלים, חכם רפאל מאיר פאניז'ל נבחר לנשיא כוללות הספרדים בירושלים ולראש בתי הדין בה. חכם רפאל מאיר פאניז'ל היה ממונה על קופת התמחוי של העדה, והיה הרוח החיה בהקמת ישיבת 'תפארת ישראל'.
בשנת תרכ"ג (1863) יצא לשליחות נוספת במרוקו ובתוניס, ושם התפרסם כבעל מופת. אותה שנה הייתה שנת בצורת ורעב. עם הגיעו לתוניס, רבני המקום פנו אליו שיתפלל לגשמים והנה תוך כדי תפילתו נתקדרו השמיים והחל לרדת גשם. מושל העיר תוניס, לאות הוקרה, נתן לו לבוש מרוקם כמנהג שרי תוניסיה, ורישיון מיוחד לעבור בכל ערי תוניסיה ברכיבה על סוס.
בט"ו באב תר"ם (1880) מונה למשרת החכם באשי בארץ ישראל - הראשון לציון, ושימש במשרתו עד מותו.
בשנת תרמ"ז (1887) הדפיס את ספרו החשוב, ספר לב מרפ"א - מערכות בהלכה, לפי א-ב, שו"ת, חידושים ודרושים, שו"ת - לשון מרפ"א. כן כתב הערות וציונים על הרמב"ם.
חכם רפאל מאיר פאניז'ל נפטר בי"ד טבת תרנ"ג (1893), לאחר מחלה בת מספר שבועות, ונקבר בהר הזיתים