1828-1761בשנת תק"ף (1820) החל לכהן כרב ואב בית דין בקהילת סיליסטרה (בולגריה), ולה הקדיש את רוב זמנו. כראש הקהילה הנהיג קופת גמילות חסדים עבור אנשי הקהילה, פעל להשכנת שלום בין איש לאשתו, לגישור בין אדם לחברו, ולצמצום מהחלוקות בין תלמידי החכמים.
מתוך אהבת ישראל, חכם אליעזר פאפו, נהג להתפלל בכל יום 'יהי רצון מלפניך ה' א-לוהינו וא-לוהי אבותינו, שתרחם על כל איש ואישה, קטן וגדול, מעמך ישראל'.
חכם אליעזר פאפו כתב את ספריו בענווה רבה, ולא ביקש הסכמות על ספריו, רק התייעץ עם אשתו על ענייני המוסר שבספריו. ספרו 'חודש האביב' הוא ספר חידושים על התלמוד, 'יעלזו חסידים' נכתב על ספר חסידים ו'דן אנוכי' על המדרש. ב'אורות אלים', חכם אליעזר פאפו ליקט מנהגים והלכות ממסכתות התלמוד ומספר הזוהר, 'חסד לאלפים' הוא ספר הלכות המשלב דברי מוסר ואילו 'פלא יועץ' הוא ספר מוסר המסודר לפי סדר האלפבית. 'פלא יועץ' הוא הספר המפורסם ביותר של חכם אליעזר פאפו. ב'בית תפילה' אוסף תפילות על עניינים מגוונים, שכתב חכם אליעזר פאפו לעצמו וכדי לזכות את הרבים. שני ספרי שאלות ותשובות שלו התפרסמו: שו"ת 'פלא יועץ' ו'דן ידין'. בנוסף כתב את הספר 'אלף המגן' המאגד פירושים למקרא.
בשנת תקע"ט (1819) הגיע לבוקרשט (כיום רומניה) ושימש כרב הקהילה הספרדית בעיר. כעבור זמן קצר חזר לשמש בסיליסטרה.
תלמידו הוא הרב יהודה אלקלעי, שנודע כאחד ממבשרי הציונות. הרב אלקלעי סיפר על יהודי מקהילתו של חכם פאפו שנידון למוות בידי השלטונות. הקהילה לא רצתה לשלם את סכום הכסף הגדול שנדרש לפדותו. חכם פאפו: ציווה למכור את כל ספרי התורה וכלי הקודש ובכסף לפדות את הנידון למוות, כי התורה ניתנה לישראל, ואם אין ישראל אין תורה. כך העמיד את הערבות מעל לכל.
חכם אליעזר פאפו רצה מאד לעלות לארץ ישראל, אך בשנת תקפ"ז (1827) חלה. בעקבות מחלה זו הוסיפו לו את השם יחזקאל. ביום כ' תשרי תקפ"ח (1828), והוא בן 42 שנה, נלקח לבית עולמו ונקבר בסיליסטרה.
