1976-0אביו יעקב ייבֵּם את אשת אחיו המת בנימין, אך התברר שלאחר שנולדו להם ילדים, כל בן שנולד וקראו לו בנימין על שם האח המת, לא האריך ימים, ומת כעבור חודשים ספורים. בעצת הרבנים, הוחלט שהבעל המת מקנא לאשתו, ולא מעוניין שיקראו ילד על שמו, ולכן קבעו הרבנים שהילד שייוולד ייקרא רפאל, וכך יבוא לו מרפא והוא יישאר בחיים. וכך אכן היה לבן הנולד קראו רפאל והוא זכה להיות תלמיד חכם.
חכם רפאל יעקב חקק נשא לאישה את ויקטוריה, ונולדו להם בנים ובנות. לימים התגוררו בירושלים קרוב לישיבת 'פורת יוסף'. בתוך אחוזת ביתו הקצו חדר מיוחד למגורי הוריו יעקֹב וחביבה.
חכם רפאל יעקב חקק היה ממייסדי אגודת 'עושה חסד'.
בשנת תש"ל (1970) חכם יעקב רפאל חקק הדפיס את ספרו 'ליקוטי רפאל', בו ליקט מראשונים ואחרונים, והביא גם מאות משלים וסיפורים, על חמישה חומשי תורה והפטרות. הספר יצא גם במהדורת ברייל.
חכם רפאל יעקב חקק נפטר במוצאי שבת ה' בכסלו תשל"ו. (1976)
