1936-1867בשנת תרמ"ב (1882), חכם בן ציון שמואל וידאל קואינקה התחתן ועבר לגור בשכונת אהל משה שמחוץ לחומות. בשנים אלה, היה סמוך על שולחן אביו והקדיש את עצמו ללימוד תורה. בשנת תרמ"ט (1889) הצטרף לניהול בית המסחר של אביו, כך השתלם במסחר ושילב תורה עם אומנות.
בשנת תרנ"ו (1896) ייסד את כתב העת התורני 'המאסף', שאיגד חידושי תורה של רבנים שונים מתקופתו. כתב העת יצא לאור על בסיס שבועי, לעתים כמוסף לעיתונים 'הצבי' ו'החבצלת', ובהמשך כירחון עצמאי.
בשנת תרנ"ז (1897) התמנה כדיין בבית הדין של חכם ניסים ברוך וחכם שלמה סוזין, ובשנת תרנ"ח (1898) החל לשמש כראש ישיבת 'תפארת ירושלים'. בשנת תרנ"ט (1899) יצא כשד"ר, שלוח דרבנן, לאסוף תרומות מתפוצות ישראל. לאחר שובו ממסעותיו חזר לישיבת 'תפארת ישראל'. חכם בן ציון שמואל וידאל קואינקה עסק בצרכי ציבור שונים, ובשנת תרס"ו (1906), הקים את 'בית הזקנים לעדת הספרדים'.
בשנת תרצ"א (1931) התמנה כרבה של חברון, ושימש בקודש עד למאורעות בשנת תרצ"ו (1936).
חכם בן ציון שמואל וידאל קואינקה נפטר בט"ז חשוון תרצ"ז (1936) ונקבר בהר הזיתים.
כתביו של חכם בן ציון קואינקה שבידינו הם 'הושיע ציון' - דרושים על התורה, 'תפארת ציון' - בירורי סוגיות והלכות בש"ס, ו'ספר הזיכרונות והתולדות', מעין אוטוביוגרפיה.
