1899-1825הוא למד בתלמוד תורה הגדול ובישיבות העיר, שם הוכשר להוראה ורבנות. בצעירותו העשיר ידיעותיו על ידי קריאת ספרים ורכש את השפות אנגלית, צרפתית ואיטלקית. כמו כן עסק במסחר ספרים, והגדיל את ספרייתו העצומה. בית מסחרו היה ידוע בכל אירופה ורבים פנו אליו לרכישת ספרים, להדפסה ולתרגום.
חכם יהודה בן יעקב נחמה נשא לאישה את בת הגביר יעקב מודילייאנו, מצאצאי המשפחות המיוחסות שעלו מליוורנו לסלוניקי. כאשר אביו נפטר, ניהל הרי"ן את עסקי אביו ואף הרחיבם לתחומי מסחר נוספים. לרגל מסחרו, היה מרבה בנסיעות לערים שונות וניצל נסיעות אלו למפגשים לם גדולי חכמי ישראל בזמנו.
חכם יהודה בן יעקב נחמה היה אחד העסקנים הפעילים ביותר בקהילה ובמוסדותיה. הוא כיהן כחבר ועד הקהילה, היה פעיל בחברות הסעד בעיר בעיקר ב'ביקור חולים', ששימש בה כנשיא החברה. הוא ייסד סניף של חברת כל ישראל חברים (כי"ח) בסלוניקי. בשנת תרכ"ד (1864) הקים ועד מקומי להקמת בית ספר שבראשו העמיד את ד"ר משה אלאטיני, ויחד השיגו את תמיכתו של החכם באשי של סלוניקי, חכם אשר קובו. בשנת תרל"ג (1873) הקימו בסלוניקי בית ספר לבנים בבעלות כי"ח.
חכם יהודה בן יעקב נחמה פעל לפיתוח ולהפצת העברית ויחד עם חבריו ערך עיתון שנוסד בשנת תרכ"ה (1865), שמטרתו הייתה הפצת ההשכלה היהודית, והקים בשנת תרנ"א (1891) את תנועת 'חברת שפת אמת', שמטרתה להחיות את העברית אצל כל יהודי, על ידי לימוד תנ"ך, כתבי עת וספרים שונים.
חכם יהודה בן יעקב נחמה נפטר ביום י"ט בשבט תרנ"ט (1899) בשנה ה-73 לחייו. נערכה לו הלוויה גדולה בהשתתפות אלפי אנשים, רבני העיר וקונסולים ממעצמות אירופה.
בשנת התר"ן (1890) פרצה שריפה גדולה בעיר סלוניקי והכחידה אוצר רוחני עשיר. חלק מכתביו הפכו לאפר באותה שריפה: 'נדחי ישראל ונפוצות יהודה' על תולדות עם ישראל, 'יהודי סלוניקי' וספר 'שאלות ותשובות' בנושאים שונים. בין הכתבים שיצאו לאור: 'מכתבי דודים מיין' - חידושים בתורה ובתלמוד ושו"ת הלכה, 'השפה העברית והעם העברי' - חוברות לזכרם של אישים שהיו מקורבים אליו, 'איל לונאר' - קובץ מאמרים.
