חכם אליהו בן אמוזג נולד לאמו קלרה ולאביו אברהם, בי"ג אייר תקפ"ג (1823), בליוורנו שבאיטליה. משפחת בן אמוזג הגיעה לליוורנו מפאס שבמרוקו.
בשנת תקפ"ז (1827), כשהוא בן 4, אביו נפטר ואמו גידלה אותו. חכם אליהו בן אמוזג למד תורה אצל אחי אמו, חכם יהודה קורייאט. לצד לימודיו במקרא, תלמוד, מדרש וקבלה, הרחיב השכלתו בלימודים כלליים ובשפות. בשנת תקצ"ט (1839), והוא בן 16, כתב את המבוא לפירוש 'מאור ושמש' שחיבר דודו. בשנות העשרים לחייו, החל לכהן כדרשן בליוורנו, ולאחר מכן גם כדיין וכמלמד בבית המדרש לרבנים שבעיר.
חכם אליהו בן אמוזג הקים בליוורנו בית דפוס, ובו הדפיס ספרי קודש שונים, ביניהם חיבורים רבים של חכמי מרוקו. גם ספריו נדפסו בבית הדפוס שהקים.
חכם אליהו בן אמוזג היה מקובל גדול שהראה את מרכזיות חכמת הקבלה כפילוסופיה הפנימית של היהדות. הוא עימת את התורה עם החכמות וזאת כדי להראות את האמת של התורה. לשיטתו, כל הידע האנושי הוא ניצוצות של האמת שהתגלתה לישראל בתורתו. הוא לא חשש להשתמש במדעים, שהיו חשודים על חלק מן החכמים אחרים, בני תקופתו כדי לבאר את הכתוב.
בשנת תרכ"ה (1865), שלוש שנים אחרי שיצא הכרך הראשון של פירושו לתורה - 'אם למקרא', שרפו חכמי ארם צובא (חאלב) את ספרו, בשל תערובת מקורות חיצונים שהכניס בתוך פירושו כדי להבין את התורה. חכמי ירושלים, נמנעו מלשרוף ספרו, אך לא קיבלוהו. למענם כתב את 'צרי גלעד' אגרת הגנה על ספרו.
חכם אליהו בן אמוזג נפטר ביום ז' אדר א' תר"ס (ת"ש) בעירו ליוורנו, ונקבר שם.
חכם אליהו בן אמוזג כתב את ספריו בעברית, איטלקית וצרפתית. ביניהם: 'אם למקרא' - פירוש לתורה. 'ישראל והאנושות' - חיבור פילוסופי העוסק בחזון האוניברסלי של היהדות. 'מוסר יהודי לעומת מוסר נוצרי' - חיבור פילוסופי המנגיד את תפיסת הדת והמדינה בין היהדות והנצרות. 'טעם לש"ד' - חיבור המגן על חכמת הקבלה מפני דברי שד"ל (שמואל דוד לוצאטו)., 'מבוא לתורה שבעל פה' 'המסורת' – חיבורים על מרכזיות המסורת לכל מדע ולכל מציאות. ספר זה כשאר כתביו יצא במפעל ההדרה של כתבי חכם אליהו בן אמוזג על ידי הרב אליהו זייני.