חכם שמואל אבן דנאן נולד בשנת תרל"ז (1874) לאמו ולאביו גאון רבי יצחק אבן דנאן בפאס, שבמרוקו. אביו שימש כרב העיר וכראש אבות בתי הדין של העיר פאס ואגפיה. בבית זה שאב רבי שמואל מלוא חפניים תורה עד שהפך לענק רוח וגאון בתורה. בשונה מאבותיו הקדושים, חכם שמואל אבן דנאן הקפיד לא לשמש בתפקידים רבניים, לבד ממה שהיה מזכה את הרבים בדרשותיו, והתפרנס כסופר בית-דין של העיר פאס.
חכם שמואל אבן דנאן היה מפורסם במעשי הצדקה הרבים. ביתו היה פתוח לרווחה, לכל שליחי דרבנן, שבאו מארץ הקודש עד שמינוהו כגזבר של צדקה למוסדות תורה בארץ ישראל, כ'כוללות רבי מאיר בעל הנס בטבריה', 'ישיבת מאיר בת עין', 'ישיבת המקובלים בית אל' בירושלים, ובית היתומים שהוקם ע"י רבני טבריה.
חכם שמואל אבן דנאן דרשן בחסד היה. דרשותיו הועתקו והודפסו ע"י אליהו פרץ והם - 'לשד השמן', 'דשנת בשמן', 'תדשן אדמה'.
חכם שמואל אבן דנאן נפטר ביום כ"ח אדר ב תשכ"ב (1962).