חכם מיכאל יעקב ישראל נולד לאמו ולאביו חיים יהודה מיכאל ישראל בסביבות שנת תק"ן (1790) ברודוס, שהייתה אז תחת שליטת העות'מנים.
חכם מיכאל יעקב ישראל למד מפי רבה של רודוס חכם אברהם הלוי. הוא שימש כשליח ציבור וכשוחט בעיר, ובשנת תקפ"א (1821), בהיותו בן 31, החל לשמש כרב הראשי של רודוס.
בכל שנה ביום ב' כסליו, הנהיג יום משתה ושמחה לו ולבני ביתו לאחר שבתאריך זה הספינה בה הפליג למצרים נטרפה, והוא ניצל מטביעה בים.
בשנת תרי"ג (1853) עלה לארץ והתיישב בירושלים, שם היה מועמד לתפקיד הראשון לציון, אך סרב לקבלו ולבסוף נתמנה להיות אב בית דין.
חכם מיכאל יעקב ישראל נפטר בירושלים, ביום ז' אייר תרט"ז (1857). ספדו לו בירושלים, ברודוס ובאיזמיר.
תשובותיו נדפסו בספר 'יד ימין', ודרושים שחיבר נדפסו בספר 'שנות ימין'.