חכם מרדכי עבאדי נולד לאימו ולאביו יעקב בשנת תקפ"ו (1826) בחאלב שבסוריה.
בצעירותו למד תורה מפי זקנו, חכם אברהם עבאדי, והתעמק בחוכמת הקבלה.
בשנות השלושים לחייו, יחד עם קבוצת רבנים מחאלב, עלה לירושלים, ובה הקימו ישיבות ומוסדות תורה שהשפיעו והנהיגו את הקהילות הספרדיות בשכונת הבוכרים.
חכם מרדי עבאדי העמיד תלמידים הרבה, ובתוכם חכם שאול דוייק הכהן, חכם יעקב חיים ישראל אלפייה.
חכם מרדכי עבאדי נודע גם בפיוטיו הרבים, המושרים בשירת הבקשות, ובשמחות בכל קהילות ישראל כמו הפיוטים 'מקהלות עם', 'יום זה שירו לאל' 'יודך מלך'.
חכם מרדכי עבאדי נפטר ביום ג' סיון תרמ"ג (1884).
בין חיבוריו הרבים, שחלקם עדיין גנוזים בכתבי יד: 'מעין חיים' - דרשות בלשון הזוהר, 'מעיין גנים' - שו"ת, 'חן מרדכי' - חכמת הקבלה, 'נעים זמירות' - פירוש על תהילים, 'מליץ נעים' ו'ויכוח נעים'.