חכם דניאל הכהן נהר נולד לאמו מרים ולאביו יהושע אברהם בשנת תקס"ד (1804) באיזמיר שבתורכיה.
הוא למד תורה מפי החכם רחמים אריה ארייאש, שלימים הפך להיות חמיו, ומפי החכם המכונה הפרד"ס חכם רפאל פנחס די שיגורה.
לאחר שקידתו בתורה, יצא בגיל עשרים וחמש לעסוק במסחר, ובשל מחלת אביו היה מפרנס גם את הוריו. בעסקיו עשה חיל ובד בבד תמך בקרוביו ועזר להם בנישואי הבנות מכיסו הפרטי. על אף עיסוקו במסחר לא פסק מלימודיו בתורה, הפריש מממונו לכתוב לו ספר תורה, ועזר בהדפסת כמה ספרי קודש שהיו בכתבי יד.
כל ימיו איוותה נפשו לעלות לארץ ישראל, וכשהגיע לגיל שבעים הגשים חלום זה. הוא עלה ונתיישב בעיר הקודש צפת, שם כיהן כרב וכדרשן. מסיבה שאינה ידועה, לאחר ארבע שנים בארץ ישראל חזר לאיזמיר.
חכם דניאל הכהן נהר נפטר ביום כ"ז אייר תרמ"א (1881) באיזמיר ביותו בן 77. ביום פטירתו אסף את משפחתו ובירך אותם בצלילות הדעת, וכשסיים החיל להתפלל את תפילת 'עלינו לשבח' עד שפסק, ונפטר.
חכם דניאל הכהן נהר כתב כמה חיבורים אך הם נשרפו ב'שריפה הגדולה' שהייתה בתורכיה בשנת תר"א (1841). ספרו הנותר לפליטה 'יד הנהר' נדפס לאחר פטירתו בהשתדלות בנו, בדפוס אברהם פונטרימולי, איזמיר שנת תרמ"ד (1884). בספר 14 דרשות שדרש בזמנים שונים. בפתח הספר נדפסה צוואתו, שנמצאה בין תכריכיו אשר הכינם עוד בחייו, והיא מלאה בדברי מוסר ויראת שמיים.