חכם שאול הכהן נולד לאמו ולאביו חכם מוסא הכהן, באי ג'רבה בדרומה של תוניסיה.
את ראשית תורתו למד מפי החכם צמח הכהן, משבגר ונשא אישה עבד למחייתו כמוכר בחנות, ואת שארית זמנו הקדיש ללימוד התורה.
חכם שאול הכהן נתמנה לרב ראשי ברובע הקטן של ג'רבה, בתקופת כהונתו התמסר לאנשי הקהילה, תיקן תקנות ייחודיות, וביטל מנהגים שאינם ראויים.
בין חכם שאול הכהן לחכם ישועה בסיס, מגדולי חכמי תוניס, שררה ידידות עזה. חכם ישועה בסיס כינהו בשם - שאול בחיר ה'. חכם ישועה בסיס חזה כי יבוא יום ותוניס תתרוקן מחכמיה ועל-כן ציווה את חכם שאול הכהן לשמור ולחזק את לימוד התורה והתלמידים בג'רבה, ואכן בא היום ונצרכה תוניס לחכמי ג'רבה.
חכם שאול הכהן היה בקיא בנגלה ובנסתר, אך חיבב ביותר את דרך הפשט וכך היו מרבית פירושיו.
חכם שאול הכהן נפטר ביום ו' אייר תר"ח (1848) ונקבר ב'גרבה. ביום ט"ו בשבט תש"ע (2000) כ-150 שנה לאחר פטירתו, הועלו עצמותיו לישראל והוא נקבר במושב איתן.
חכם שאול הכהן חיבר 10 ספרים, חלקם יצאו לאור בחייו, וחלקם לאחר פטירתו, ואלו הם: 'לחם הביכורים' - כללי הדקדוק, 'קרני רמים' - על פירוש רש"י ורא"ם על התורה, 'שפתי דעת' - פירוש על הסליחות, 'בגדי כהונה' ו'נוכח השולחן' - ביאור על השולחן ערוך, 'ערבי פסחים' - פירוש על ההגדה של פסח, 'יד שאול' - פירוש על התורה, 'נתיב מצוותיך' - פירוש על האזהרות של רבי שלמה אבן גבירול ורבי יצחק בן ראובן, 'בינה לעיתים' - על חוכמת העיבור, 'שי למורא' - פירוש על תפילת ימים הנוראים.