2000-1941מקור משפחתו הוא מתורכיה ולפנים שמה היה גאגין, והוא ממשפחת חכם חיים אברהם גאגין, שנבחר לתפקיד הראשון לציון בשנת תרמ"ב (1842). אביו חכם יעקב יגן היה תלמידו של המקובל חכם מרדכי שרעבי.
חכם ניסים יגן למד בילדותו בירושלים והיה מחובר לאדמו"ר מאמשינוב. עפ"י עצתו נסע ללמוד תורה באמריקה בישיבת ליקווד של הרב אהרון קוטלר במשך חמש שנים. לאחר מכן חזר לארץ, ונשא לאשה את מלכה.
חכם ניסים יגן לימד בישיבות 'אור ברוך' ו'אוהל מועד' בירושלים והיה שותף להקמת ישיבה בגבעת עדה.
בשנת תשל"ח (1978) הקים את כולל 'קהילות יעקב' ועמד בראשו. דגש מיוחד היה בכולל זה ל'סדר מוסר' שהוקדש ללימוד מוסר וזמן לחשבון נפש ותיקון המידות.
לאורך כל חייו נמשך להתקרב לעם ישראל, להגיע למקומות שונים בארץ, למסור שיחות ולקבל אנשים לעצה ולברכה. היה מייעץ לכל מי שפנה אליו ובכל עניין, ובמיוחד היה ידוע בייעוץ בשלום בית. חוש האבחנה שלו בין איש לאישה עמד לו לעסוק אף בשידוכין, ולאחר פטירתו נמצא פנקס ובו מאות שמות של מועמדים לשידוך.
בתקופה חייו האחרונה חלה ונפטר לאחר יסורים קשים בשבת 'בהעלותך' ביום י"ד סיון תש"ס, ונטמן בירושלים.
לאחר פטירתו יצאו שיחותיו הרבות שנשא בסדרת ספרים הנקראת 'נתיבי אור' שרובה דברי מוסר. על המועדים, על השבת, עצות בעבודת ה', עבודת המידות ועוד. חלק מהספרים יצאו גם בשפות זרות: ספרדית, רוסית, צרפתית ואנגלית. וכן יצאו עשרות שיחות מוקלטות והן מופצות חינם על גבי תקליטורים לזיכוי הרבים.
