חכם רפאל אלאשווילי נולד לאמו רבקה ולאביו יוסף בכ"ט ניסן תרצ"ד (1934) בקולאשי שבגרוזיה. אמו היתה בתו של חכם אהרון בותרשווילי - מנהיגה הרוחני של קולאשי במערב גרוזיה.
עם סיום מלחמת העולם השנייה, עברו הוריו של חכם רפאל בחיפוש פרנסה לעיר זוגדידי.
בשנת תש"ח (1948) חכם רפאל אלאשווילי חזר לקולאשי והתגורר בבית סבו חכם אהרון בותרשווילי. סבו לימדו תורה יחד עם חכם מישל אג'יאשווילי.
בשנת תשי"ג (1953) חכם רפאל אלאשווילי נשא אישה.
בשנת תשי"ד (1954) עבר עם אשתו לעיר גורי לשמש חזן הקהילה היהודית.
בשנת תשי"ח (1958) חכם רפאל אלאשווילי חזר לקולאשי ושימש חזן בית הכנסת הגדול בעיר.
בשנת תשל"ב (1972) חכם רפאל אלאשווילי עלה לארץ ישראל יחד עם משפחתו והוריו. הוא השתקע בעיר לוד, ושימש כרב הראשי ליהודי גרוזיה בארץ.
חכם רפאל אלאשווילי נפטר ביום כ"ג סיוון תשס"ה (2005), ונקבר בלוד.
חכם רפאל אלאשווילי כתב פירוש לפרקי אבות, שנדפס יחד עם הרחבות שכתב תלמידו, בספר 'פרקי רפאל'.