1733-1655בצעירותו התמסר ללימוד התורה, התעלה ולמד מהרבנים חכם וידאל הצרפתי וחכם מנחם סרירו. לצרכי פרנסתו למד צורפות, ושמו יצא לתהילה כצורף מומחה העושה מלאכתו בנאמנות בין ליהודים ובין לגויים.
בשנת תמ"ד (1684) נוכח לדעת כי תלמידיו, הגם שמלאו כרסם בש"ס ופוסקים, אינם יודעים לדרוש בקהל, ולכן החל מלמדם את תורת הנאום והדרוש. ו חכם יהודה בן עטר היה אוספם בכל שבת בשעת המנחה, והיה דורש בפרשת השבוע, ואחריו לפי התור, היה דורש תלמיד אחר. דרשותיו אלה קובצו בספר 'מנחת יהודה'.
בשנת תנ"ח (1698) מונה חכם יהודה בן עטר לדיין יחד עם רבותיו חכם וידאל הצרפתי וחכם מנחם סרירו.
בשנת תס"א (1701) נאלץ לנדוד למכנאס, יחד עם רבים מיהודי העיר פאס, לאחר שהמלך איסמעיל הטיל מס כבד על יהודי העיר פאס. גם במכנאס ישב בדין יחד עם רבותיו ועם חכמי מכנאס.
משנת תע"ג (1713) לאחר פטירת חכם וידאל וחכם שמואל הצרפתי, כיהן כדיין יחידי במכנאס, ובשנת תפ"ג (1723) ישב ראשון בדין עם חכם יעקב אבן צור (היעב"ץ) שהיה לו תלמיד חבר.
חכם יהודה בן עטר חזר לעיר פאס, ועמד בראש הקהילה היהודית בפאס. הוא תיקן תקנות רבות עבור קהילתו בעניינים שונים כעניין המיסים, המסחר, הוצאות עבור מסיבות, הלוואות מגויים, ועוד. היה רגיש מאוד לסבלו של הציבור, והיה ביתו פתוח לרווחה לפני כל שואל ומר נפש.
חכם יהודה בן עטר נלקח לבית עולמו ביום י"ט סיוון תצ"ג (1733), בהיותו כבן שבעים ושבע שנה ונקבר בעיר פאס. עם פטירתו הפך מקום קבורתו למקום שיח ותפילה בעת צרה לציבור.
חכם יהודה בן עטר חיבר יצירות רבות, חלקן נותרו בכתבי יד, וביניהן: 'מנחת יהודה' - דרשות על התורה, 'שיר מכתם' - דיני שחיטה וטריפות, דיני גט וחליצה, ספר שו"ת ופסקים, וכן מוזכר שחיבר ביאור על מדרש רבה.
