חכם יעקב דוויק הכהן נולד לאמו קמר ולאביו חכם שאול בשנת תקפ"ח (1838) בחאלב שבסוריה.
הוא למד תורה מפי אביו חכם שאול ומפי חכם מרדכי עבאדי. אף אמו היתה יודעת תנ"ך ותלמוד.
בשנת תרי"ט (1859) חכם יעקב דוויק הכהן נשא לאשה את גרז בת חכם משה סוויד.
בתחילה התפרנס מלימוד גמרא לבני העשירים, ולאחר מכן שימש בקודש כרב הקהילה בעיירה קיליז שליד חאלב (כיום בטורקיה). עם פטירתו של החכם באשי של יהודי חאלב נתבקש למלא תפקיד זה, ובו שימש שנים רבות. לעת זקנותו התפטר ביוזמתו ממשרת החכם באשי לטובת חכם חזקיה שבתי והוא נתמנה להיות ראש אבות בתי הדין עד סוף ימיו.
חכם יעקב דוויק הכהן היה דרשן דגול ובעל השפעה גדולה על שומעיו. אף שהוא עצמו מעיד שלא אהב לדרוש ברבים, נענה להפצרות הקהל, ודרש בקביעות בקהילתו. חלק גדול מספריו מבוססים על דרשותיו אלו.
בשנת תרל"ז (1877) חכם יעקב דוויק הכהן ביקר בארץ ישראל כדי להשתטח על קברי הצדיקים הטמונים בה. בביקורו נפגש עם הראשון לציון חכם אברהם אשכנזי וביקש ממנו הסכמה לאחד מספריו.
בתחילת ספרו 'דרך אמונה' חכם יעקב דוויק הכהן מספר על תלאות חייו, על פטירת שלוש נשותיו, שניים מבניו ובתו, על הקושי בחיי העוני, ומאמציו להדפסת ספריו.
חכם יעקב דוויק הכהן נפטר ביום ב' בסיון שנת תרע"ט (1929) ונקבר בעירו ארם צובא.
חכם יעקב דוויק הכהן חיבר כמה ספרים, חלק מהם נותרו בכתב יד, ושניים מהם יצאו לאור עולם: 'דרך אמונה' דברי מוסר בסדר הא' ב'. ספר 'שארית יעקב' דרשות לד' שבתות השנה ובסופו קונטרס 'משכנות יעקב' ובו דרושים שלו למנוחת רבו הרב מרדכי עבאדי ועוד כמה דרושים מבניו.